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罗氏沼虾野田村病毒3种检测方法比较
摘要:胶体金免疫层析技术、RT-PCR、RT-LAMP 采用的抗体和特异性引物均针对罗氏沼虾野田村病毒的衣壳蛋白和编码基因RNA2。采用这3种方法分别检测罗氏沼虾野田村病毒(Macrobrachium rosenbergii Nodavirus,MrNV),结果表明,免疫胶体金检测试纸能快速检测感染罗氏沼虾野田村病毒的幼虾,但灵敏度较低,能用来检测具有疑似病症的样品;RT-PCR和RT-LAMP检测灵敏度都优于免疫胶体金检测试纸,但RT-PCR方法操作步骤繁琐,所耗时间较长,而RT-LAMP方法操作简便、用时短、不需要特殊仪器,在产物中加入核酸染料后检测结果可用肉眼直接判定。因此,RT-LAMP方法更适合基层和现场检测,其相关试剂盒的研发更具有应用前景。&
  关键词:罗氏沼虾野田村病毒;免疫胶体金技术;RT-PCR;RT-LAMP;检测&
  中图分类号: S945.4+19文献标志码: A文章编号:(4-03&
  收稿日期:&
  基金项目:公益性行业(农业)科研专项(编号:);浙江省湖州市科技项目(编号:11ZD2005);浙江省淡水养殖科技创新团队建设(编号:-11)。&
  作者简介:林锋(1980―),男,硕士,助理研究员,主要从事水产病原微生物研究。E-mail:。&
  通信作者:刘莉,副研究员,从事水产动物病害防治研究。E-mail:。罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)是一种生长快、病害较少、易养殖的淡水养殖虾,目前已经成为我国淡水养殖的主要品种之一,江浙一带是主要产地。罗氏沼虾野田村病毒(Macrobrachium rosenbergii Nodavirus,MrNV)是危害罗氏沼虾淡化苗的主要病毒,会导致病虾肌肉出现白斑、白浊或全身发白,通常被称为罗氏沼虾白尾病(white tail disease,WTD),严重时死亡率高达90%以上[1],对罗氏沼虾养殖业造成极大的危害,已被列为OIE申报疫病和我国水生动物二类疫病。2011年至今,广东、浙江、江苏、上海等地连续几年在罗氏沼虾幼苗抽检中均检测到该病毒,对该病毒的防控工作还有待加强。目前,罗氏沼虾野田村病毒的检测方法有电镜法、病毒核酸鉴定法、RT-PCR检测法、TAS-ELISA检测法等[2-6],其中,RT-PCR是现今最为常用、也是最为经典的检测方法。环介导等温扩增法(loop-mediated isothermal amplication,LAMP)是近年发展起来的一种新颖的核酸扩增技术,在恒温条件下高效扩增核酸,具有高特异性、快速灵敏、高效、操作简便等特点[7],已被广泛用于人、动植物病毒和细菌检测。本试验在前人研究基础上,结合实际应用需要,采用胶体金免疫层析技术、RT-PCR、RT-LAMP 3种方法分别检测人工感染MrNV的罗氏沼虾幼苗和成虾,对3种检测方法的优劣进行比较和分析,以期为罗氏沼虾病毒病的实际诊断提供必要的技术支持。&
  1材料与方法&
  1.1材料&
  MrNV病样由浙江省淡水水产研究所实验室人工攻毒制备,MrNV单克隆和多克隆抗体自行制备[8];RNA提取试剂盒(viral RNA mini kit)购自Qiagen公司;Taq DNA聚合酶、M-MLV 逆转录试剂盒、DL2000 Marker、100 bp DNA Ladder Marker购自TaKaRa公司;Bst DNA 聚合酶大片段购自New England BIPolabs公司;AMV酶、dNTP购自Promega公司;甜菜碱、硫酸镁等购自Sigma公司。&
  1.2引物和探针的设计与合成&
  RT-PCR引物采用世界动物卫生组织(OIE)推荐的MrNV特异性引物[9];RT-LAMP反应所用引物和探针根据GenBank公布的MrNV编码衣壳蛋白基因RNA2序列,由在线软件PrimerExplorer V4(http://primerexplorer.jp/e/)设计和手工修改后获得,利用不同引物的反应结果进行筛选,从中选出特异性和灵敏度较佳的2对引物,其中包括2条外引物(F3、B3)和2条内引物(FIP、BIP)(表1)。引物由上海生工生物公司合成。&
  1.3MrNV胶体金诊断方法的建立&
  1.3.1MrNV胶体金检测试纸的制备在实验室自行制备鼠抗MrNV单抗和兔抗MrNV多抗的基础上,与杭州某生物公司合作,以兔抗MrNV的多抗作为第一抗体吸附在结合垫上,再用鼠抗MrNV单抗与胶体金颗粒标记,制成MrNV病毒测定胶体金试纸条(图1)。&
  1.3.2MrNV胶体金检测试纸的应用称取50 mg罗氏沼虾幼苗或成虾肌肉组织置于离心管中,加入200 μL PBS缓冲液,研磨匀浆,5 000 r/min离心2 min;用吸管吸取上清液,滴1~3滴到图1所示样品S孔中,等待2~5 min观察结果。如分别在C(质控线)和T(检测线)处出现沉淀线,表明样品为MrNV阳性;如仅有C线出现沉淀线,表明样品为MrNV阴性;如没有条带出现,表明该胶体金检测试纸条为不合格品。&
  1.4RT-PCR和RT-LAMP反应&
  1.4.1病毒RNA的提取称取病毒样本50~100 mg,用Qiagen公司的RNA提取试剂盒(viral RNA mini kit)提取样本病毒RNA,操作步骤参照说明书进行,提取单个样品RNA约10 min。提取的总RNA溶于50 μL双蒸水中,利用超微量分光光度计(NanoDrop2000,USA)对核酸浓度进行定量分析。-80 ℃保存备用。
1.4.2RT-PCR反应体系取4 μL RNA模板,利用 M-MLV 逆转录试剂盒得到cDNA,进行PCR扩增,反应条件为:95 ℃预变性4 min;94 ℃变性40 s、55 ℃退火40 s、72 ℃延伸1 min,30个循环后72 ℃ 15 min;1%琼脂糖凝胶电泳分析扩增结果。&
  1.4.3RT-LAMP反应体系1.6 mmol/L MrNV-FIP和MrNV-BIP、0.2 mmol/L MrNV-F3和MrNV-B3、0.05 μmol/L MrNV-PROBE、20 mmol/L Tris-HCl (pH值80)、10 mmol/L氯化钾、15 mmol/L硫酸铵、8 mmol/L硫酸镁、0.1% Triton X-100、0.6 mol/L甜菜碱、1.4 mmol/L dNTP、1 U 逆转录酶AMV、8 U Bst DNA 聚合酶大片段,终体积为25 μL;模板4 μL。反应条件为:63 ℃反应45 min,85 ℃保温5 min终止反应。反应前,将封存于反应管盖的核酸染料快速振荡,与反应产物混合均匀,静置5 min后,通过颜色变化判定结果。&
  2结果与分析&
  2.1MrNV胶体金检测试纸条的制备与应用&
  将阳性虾组织匀浆液上清进行10-1~10-8梯度稀释,利用MrNV胶体金检测试纸条进行检测,结果表明,胶体金检测试纸条仅能检测到10-2倍稀释度时的样品(图2)。整个检测过程在10 min内可以完成。&
  2.2MrNV RT-PCR检测&
  将提取的MrNV RNA进行10-1~10-8梯度稀释,经过RT-PCR反应,琼脂糖凝胶电泳,结果显示,对于稀释度大于10-5的样品无法检出(图3)。整个检测过程大概需4~5 h。&
  2.3MrNV RT-LAMP检测&
  以10-1~10-8逐步梯度稀释MrNV RNA为模板,进行环介导等温扩增,产物同时用琼脂糖凝胶电泳和核酸染料染色,结果表明,凝胶电泳1~5号泳道能清楚观察到阶梯状条带,泳道6和泳道7能勉强看到条带(图4);核酸染料染色法检测,1~5号管为绿色,7和8号管为橙红色,而6号管处于2种颜色的过渡阶段,其中,绿色为阳性,橙红色为阴性(图5)。&
  3讨论&
  罗氏沼虾野田村病毒是引起罗氏沼虾幼体产生白体病的病原, 发病高峰期死亡率高达100%。自2004年该病毒从罗氏沼虾白体病样品中被分离出来,其检测方法不断更新发展,&
  从电镜观察发展到分子生物学方法检测,使得罗氏沼虾白体病得到有效控制。但是,近年来,通过在广东、广西、浙江、江苏、上海等地苗场和养殖场抽样调查和采集病样,发现MrNV有死灰复燃迹象,加强该病的检测与预防显得十分重要。&
  本试验在实验室原有研究的基础上,选取了目前比较流行的3种病原检测方法对MrNV进行检测比较分析。胶体金检测技术已经被广泛用于医学、动植物病原和食品安全监督等各领域[10],环介导等温扩增技术自2000年开发以来,已被用于细菌、病毒、寄生虫和胚胎性别鉴定等检测[11-18]。从试验结果可以看出,胶体金试纸条检测法速度快捷、操作方便,但灵敏度相对于PCR方法较低;RT-PCR检测法作为比较经典的检测方法,灵敏度远高于胶体金检测法,但整个操作过程耗时比较长,比较繁琐;RT-LAMP检测法相对于胶体金检测法而言,整个过程要长一些,全程大约要45~60 min,但灵敏度上有显著优势,是RT-PCR的100倍左右。3种方法相比较,各有优缺点。&
  在实际检测过程中,可以根据需要作适当选择,比如,针对已具有肌肉白浊特征的虾样,完全可以用胶体金检测法进行病原诊断;对一些抽检样品,时间和空间上允许的话,可以采用RT-PCR法;从操作简便、快捷且灵敏度高的角度出发,RT-LAMP 是三者中最好的选择,特别是近年来RT-LAMP反应产物检测方法的不断发展,由最初的比浊法到现在的比色法,减少了琼脂糖电泳的过程,而且检测结果的灵敏度也近似,这大大节约了时间,降低了成本。因此,相对而言,RT-LAMP方法在水生病原检测工作中更具有应用前景,特别是反应产物检测方法的发展,LAMP技术得到进一步完善,更有利于相关检测试剂盒的开发和应用。&
  参考文献:&
  [1]钱冬,杨国梁,刘问,等. 罗氏沼虾苗肌肉白浊病病原的初步研究[J]. 水生生物学报,):472-476.&
  [2]Sri Widada J,Durand S,Cambournac I,et al. Genome-based detection methods of Macrobrachium rosenbergii nodavirus,a pathogen of the giant freshwater prawn,Macrobrachium rosenbergii dot-blot,in situ hybridization and RT-PCR[J]. Journal of Fish Diseases,):583-590.&
  [3]钱冬,刘问,潘晓艺,等. 罗氏沼虾诺达病毒TAS-ELISA检测法的建立及应用研究[J]. 浙江大学学报:农业与生命科学版,):377-382.&
  [4]Sri Widada J,Richard V,Shi Zhengli,et al. Dot-blot hybridization and RT-PCR detection of extra small virus (XSV) associated with white tail disease of prawn Macrobrachium rosenbergii[J]. Diseases of Aquatic Organisms,):83-87.
 [5]Romestand B,Bonami J R. A sandwich enzyme linked immunosorbent assay(S-ELISA)for detection of MrNV in the giant freshwater prawn,Macrobrachium rosenbergii(de Man)[J]. Journal of Fish Diseases,):71-75.&
  [6]曾地刚,雷爱莹.逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)检测罗氏沼虾诺达病毒[J]. 广西农业科学,):735-737.&
  [7]Notomi T. Loop-mediated isothermal amplification[J]. Japanese Journal of Clinical Medicine,):957-961.&
  [8]刘问,钱冬,吴建翔,等. 罗氏沼虾诺达病毒单克隆抗体的制备及应用[J]. 水产学报,):529-533.&
  [9]Sahul H A S,Yoganandhan K,Sri Widada J,et al. Experimental transmission and tissue tropism of Macrobrachium rosenbergii nodavirus(MrNV)and its associated extra small virus(XSV)[J]. Dis Aquat Org,):191-196.&
  [10]方莹. 免疫胶体金技术及其在微生物检测中的应用[J]. 中国卫生检验杂志,):.&
  [11]Aoi Y,Hosogai M,Tsuneda S. Real-time quantitative LAMP (loop-mediated isothermal amplification of DNA) as a simple method for monitoring ammonia-oxidizing bacteria[J]. Journal of Biotechnology,(4):484-491.&
  [12]张毅,王爱华,王贵春.EMA-LAMP方法快速检测食源性副溶血弧菌活细胞[J]. 江苏农业科学,):290-292.&
  [13]Cai T,Lou G Q,Yang J,et al. Development and evaluation of real-time loop-mediated isothermal amplification for hepatitis B virus DNA quantification:a new tool for HBV management[J]. Journal of Clinical Virology,):270-276.&
  [14]张毅,胡定金,付云洁,等. PMA-LAMP法对克氏螯虾样品中沙门氏菌的快速检测[J]. 湖北农业科学,):.&
  [15]Ikadai H,Tanaka H,Shibahara N,et al. Molecular evidence of infections with Babesia gibsoni parasites in Japan and evaluation of the diagnostic potential of a loop-mediated isothermal amplification method[J]. Journal of Clinical Microbiology,):.&
  [16]刘宇卓,韩凯凯,李银,等. 鸡传染性支气管炎病毒RT-LAMP检测方法的建立[J]. 江苏农业学报,):818-821.&
  [17]Hirayama H,Kageyama S,Moriyasu S,et al. Rapid sexing of bovine preimplantation embryos using loop-mediated isothermal amplification[J]. Theriogenology,):887-896.&
  [18]张雪寒,何孔旺,叶青,等. 快速检测志贺毒素2基因的LAMP方法的建立[J]. 江苏农业学报,):455-457.
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全部作者:汪巧红
论文摘要:“城中村”是城市化浪潮中特有的一种现象,“城中村”村民的文化娱乐情况则直接反映了城市的发展程度。中小城市“城中村”文化娱乐设施缺乏,村民文化娱乐方式单一,参与文化娱乐的积极性不高。用“以人为本”的发展理念努力创造一种健康和谐的“城中村”文化,对“城中村”的居民个人是一件幸事,对城市乃至整个国家也是一件大事。
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期刊类别:人文社科
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城域网环境下的承载技术
全部作者:施文洁
论文摘要:针对OTN与SDH、PTN、PON、交换机、路由器技术的比较,OTN与传统WDM的比较,重点通过OTN与光纤承载的比较,本文明确了OTN的应用定位,提出“光缆环长度在30公里以下时宜优旬光纤直连’承载GE及以上大颗粒业务”的建议,该建议经实践证明具有能超长距离、超大容量、多业务及透明传输,并且可以提高光缆纤芯利用率,节约大量光缆资源,节约成本等优点,具备良好的应用前景。
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期刊类别:工程技术
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“城中村”问题及其反思
全部作者:代志鹏[1,2]
论文摘要:近年来,在诸多城市化水平较高的城乡地区,出现了日益增多的“城中村”现象。城中村的积极影响表现为对外来人口容纳所
起的社会减震器作用和对本地村民转型所起的社会保障作用,消极影响表现为脏乱差的物质形态带来了安全隐患、破坏了城市
市形象,村民寄生型的精神状态导致自甘堕落、有被边缘化的倾向,混乱的社会治安的外部效应增加了政府的管理成本、激化
了与周边地区的矛盾。基于以上问题的考虑,对城中村问题的反思主要从“快速城市化和中国特色的城市化”与“效率和公平
平”两个角度展开,认为目前城市化应该小步快走,不应该大步前进,应走具有中国特色的城市化道路;对城中村问题的解决
不能简单通过牺牲公平来获得效率。
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创建“岭南功夫影视城”的构想
全部作者:姚朝文
论文摘要:黄飞鸿、李小龙、叶问功夫影视世界范围的扩张,带给佛山创建“中国功夫影视城”以极大的品牌效应、正宗身份、观众认同基础、创意文化产业化的便利。三项建议:1.成立市一级的“文化创意产业指导与协调委员会”;2.建设国际权威的“世界功夫影视文化产业论坛”;3.深入挖掘佛山深潜着的特色文化资源。三大对策:1.面向世界招标,引进国际级战略投资者;2.完善配套设施;3.调整一整套的经营战略定位与拓展市场的策略、手段。
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福州大学城高校体育教师校际共享的调查分析
全部作者:林长地
论文摘要:依据“优势互补,资源共享”的大学城建设理念,采用专家访谈法、问卷调查法探讨提出福州大学城高校体育教师实施校际共享的内容,分别是体育选修课、运动队教练、专题讲座、体育社团指导员、网络平台互动;提出短期聘任、临时聘任、双职聘任等校际共享的方式;提出成立大学体育联盟、签订<共享公约》、搭建共享网络平台、实行联合学分制等校际共享的前提保障。
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恭城平地瑶吹笙挞鼓的起源与变迁
全部作者:马志伟
论文摘要:吹笙挞鼓是恭城平地瑶一项颇具民族特色的传统民间民俗文化,在历经数百年的传承后出现了走向消亡的迹象,引起了世人的
广泛关注。文章在介绍平地瑶吹笙挞鼓的起源的基础上,试图对它在变迁中所出现的特点及变迁的经济、政治和文化等因素展
展开分析,以期找到导致它濒临灭绝的原因,为抢救和保护该文化作一点有价值的参考。
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鸭源新城疫病毒RT-LAMP快速检测方法的建立
全部作者:鞠小军,刁有祥,唐熠,程彦丽,陈琳,李建侠,宋晓娜
论文摘要:【目的】建立鸭源新城疫病毒逆转录环介导等温核酸扩增(RT-LAMP)快速检测方法,为鸭源新城疫病毒的快速诊断提供支持。【方法】选取鸭源新城疫病毒NP基因的相对保守区序列,利用Primer Explorer V4在线软件设计了3对RT-LAMP引物,以鸭源新城疫病毒SDFCH株RNA为模板进行RT-LAMP反应,通过对反应温度、时间及反应体系各组分浓度的筛选,优化反应体系和反应条件,然后对该方法的灵敏性和特异性进行检测(以RT-PCR方法为对照),并将其应用于临床病料检测。【结果】优化的RT-LAMP反应体系能够在63℃下1h内实现目标核酸区段的大量扩增,反应结果可直接用肉眼判断;建立的鸭源新城疫病毒RT-LAMP检测方法特异性较强,灵敏度较高,与其他病毒,如H9N2亚型禽流感病毒(AIV)、鸭呼肠孤病毒(DRV)、禽偏肺病毒(aMPV)、传染性支气管炎病毒(IBV) 等的核酸无交叉反应,可检测到1×10-3稀释度的目标RNA(0.1 pg/μL),较普通RT-PCR的灵敏性高10倍;利用建立的鸭源新城疫病毒RT-LAMP检测方法对24份疑似鸭源新城疫样品的阳性检出率为41.7%。【结论】建立的鸭源新城疫病毒的RT-LAMP检测方法,具有快速、准确、特异性强、灵敏度高的特点。
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生态幅在重庆嘉陵江主城段营养盐限制因子中的应用
全部作者:龙天渝,郑敏,郭蔚华,侯亚芹
论文摘要:为了解重庆嘉陵江主城段营养盐与藻类的关系,探索富营养化发生的机理,笔者运用生态学中的生态幅原理对该段水体营养盐限制因子进行了系统分析.分析结果表明:磷是试验段水体的限制因子,随总磷浓度的提高,藻类现存量增加,两者成正相关;试验藻对磷的生态幅表现为单峰型,耐性限度0.005~100mg/L,磷浓度0.005~0.150mg/L为藻类增幅最大区间;氮磷比值在10.O~40.0内藻类增幅最快,13.5为藻类生长的最适氮磷比值;试验段水体总磷浓度年变化区间为0.065~0.128mg/L,总氮年浓度变化区间为1.52~2.24mg/L,氮磷比值年变化在17~28间;温度在5~30℃区间内,磷生态幅的峰值随温度的升高而增加,5~15℃增长缓慢,20~30℃增长迅速;4、5、6、7月为藻类快速增长期.分析藻类营养盐限制因子的生态幅能够更好的反映出藻类、限制因子、富营养化三者之间的关系,为富营养化发生条件与机理的探索提供新思路.
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基于城市文化资源配置与表达的绿地系统规划方法初探――以石家庄栾城县为例
全部作者:费文君,王浩*,王斯卉
论文摘要:在规划石家庄市栾城县绿地系统的过程中,以布局上体现城市文化特色为主要切入点,从城市一区域一个体绿地的宏、中、微观分析出发,注重宏观上的合理分配,中观上的有机结合,微观上的个性体现,将有特色的城市文化合理分配,创造了系统完整的,区域分明的,特色各异的文化型绿地,并在绿地系统规划的过程中辅助了绿地的有机布局与特色表达,赋予城市绿地更多文化定位和
论文摘要:在规划石家庄市栾城县绿地系统的过程中,以布局上体现城市文化特色为主要切入点,从城市一区域一个体绿地的宏、中、微观分析出发,注重宏观上的合理分配,中观上的有机结合,微观上的个性体现,将有特色的城市文化合理分配,创造了系统完整的,区域分明的,特色各异的文化型绿地,并在绿地系统规划的过程中辅助了绿地的有机布局与特色表达,赋予城市绿地更多文化定位和[]
所属期刊:
期刊类别:农业科学
发布时间: 00:00:00
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[科技期刊]
兴城泳装电子商务网站建设
全部作者:温廷新,马龙梅,唐小龙
论文摘要:为了构建兴城泳装电子商务网站功能框,在对目前国内外成功的22个泳装品牌网站建设案例调研基础上,进行统计分析。根据分析结果,设计了消费者对泳装企业网站功能评价的问卷,并对问卷调查结果分析,得出消费者认为有价值的主要网站功能,给出了兴城泳装企业电子商务网站建设的建议。
论文摘要:为了构建兴城泳装电子商务网站功能框,在对目前国内外成功的22个泳装品牌网站建设案例调研基础上,进行统计分析。根据分析结果,设计了消费者对泳装企业网站功能评价的问卷,并对问卷调查结果分析,得出消费者认为有价值的主要网站功能,给出了兴城泳装企业电子商务网站建设的建议。[]
所属期刊:
期刊类别:人文社科
发布时间: 00:00:00
下载次数:44
收藏次数:0
共129892条,12990页
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