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作者：中国科学院北京基因组研究所
来源：中国科学院北京基因组研究所
关键词：RiceWiki,数据库
近日，中国科学院北京基因组研究所章张研究员课题组与北京理工大学、中国林业科学研究院及华中农业大学合作开发完成RiceWiki数据库。该数据库是基于维基百科的水稻基因信息平台，是可编辑且内容公开的公众注释系统。研究成果在Nucleic Acids Research杂志发表。
水稻是人类重要的粮食作物之一，同时也是研究农作物及其他相关植物的重要模式生物。因此，水稻成为第一个全基因组测序的农作物。随着水稻基因组学和转录组学研究的深入，先后出现了BGI-RIS，TIGR，RAP-DB和RGKbase等专业数据库。这些数据库多是依赖专业人员的编辑更新，不仅费时费力，而且成本也逐渐增加，导致其更新速度远远落后于水稻数据的指数增长。RiceWiki数据库的优势在于汇集整个水稻研究领域的科研人员的智慧和力量，共同完善水稻基因的相关信息和数据更新，以期构建一部水稻基因的百科全书。
目前，RiceWiki已经整合了两个水稻栽培亚种的基因数据（O. sativa indica 93C11 和 O. sativa japonica Nipponbare），涵盖66000多个水稻基因的相关信息。水稻基因的原始资料主要来源于RefSeq （NCBI），Ensembl，RAP-DB和MSU Rice Genome Annotation Project。每个水稻基因的资料由注释信息、研究该基因的相关实验室以及参考文献和结构信息构成。
为了解决着作权的问题，RiceWiki还引入了作者奖励机制（AuthorReward），不仅可以评价基因注释信息的质量，还可以提高相关领域科研人员的参与度。RiceWiki允许注册用户随时创造，更新和修改水稻基因信息，明显的简化了资料收集，分析和整理的过程，以适应生物学数据的爆炸式增长模式。()生物谷推荐的英文摘要Nucleic Acids Research&& RiceWiki: a wiki-based database for community curation of rice genes&Zhang Zhang, Jian Sang, Lina Ma, Gang Wu, Hao Wu, Dawei Huang, Dong Zou, Siqi Liu, Ang Li, Lili Hao, Ming Tian, Chao Xu, Xumin Wang, Jiayan Wu, Jingfa Xiao, Lin Dai, Ling-Ling Chen, Songnian Hu and Jun Yu
Rice is the most important staple food for a large part of the world’s human population and also a key model organism for biological studies of crops as well as other related plants. Here we present RiceWiki (), a wiki-based, publicly editable and open-content platform for community curation of rice genes. Most existing related biological databases are base with the exponentially exploding volume of rice knowledge and other relevant data, however, expert curation becomes increasingly laborious and time-consuming to keep knowledge up-to-date, accurate and comprehensive, struggling with the flood of data and requiring a large number of people getting involved in rice knowledge curation. Unlike extant relevant databases, RiceWiki features harnessing collective intelligence in community curation of rice genes, quantifying users' contributions in each curated gene and providing explicit authorship for each contributor in any given gene, with the aim to exploit the full potential of the scientific community for rice knowledge curation. Based on community curation, RiceWiki bears the potential to make it possible to build a rice encyclopedia by and for the scientific community that harnesses community intelligence for collaborative knowledge curation, covers all aspects of biological knowledge and keeps evolving with novel knowledge.
(责任编辑：lilizhao)
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中国疫苗市场的巨大潜力，吸引了世界排名最领先的跨国疫苗制造巨头前来淘金。您现在的位置：&&>&&>&&>&&>&正文
作者：T.Shen
来源：生物谷
关键词：荧光,“标记-追踪”,细胞,遗传过程,Nucleic Acids Res
研究者Stephen Levene和其博士研究生Massa Shoura 开发出了一种追踪DNA looping形成 的新型技术。
(Credit: Image courtesy of University of Texas at Dallas)
日 讯 /BIOON/ --在一项新的研究中，来自德州大学达拉斯分校的研究者揭示了他们使用荧光分子来标记DNA并且监视DNA的成环（DNA looping）过程，DNA成环是一种天然的生化机制，其过程可以重排不同类型细胞中的遗传物质。研究者的这种标记-跟踪（tag-track）的方法不仅仅解析了DNA成环的形成过程，而且或许为开发有效地抵御病毒核酸感染的新方法提供帮助。相关研究成果刊登在了近日的国际杂志Nucleic Acids Research上。
DNA 成环是分子生物学和基因表达过程中的一种重要的部分，但是截至到现在，很少研究者去进行研究，研究如何理解这项最为基本的生物过程。DNA 成环是一种常见的基因拼接机制。病毒产生的异源蛋白质常常寄存在其DNA分子的接头凹槽部位，这些蛋白质使得接头部位自动成环，然后在接头部位剪切断遗传物质。DNA成环的形成对于有机体来说异常重要，人类的DNA是线性的，但是其在人类细胞中发生DNA成环的可能性一直研究者研究着。
研究小组在其实验中使用了一种名为Cre的蛋白质，该蛋白质是由病毒产生，可以感染细菌，而且其可以产生DNA成环并且切除遗传物质。研究者使用这种蛋白质删除了实验动物的某些基因，随后研究者使用该蛋白质来研究人类疾病中某些基因的作用。
研究者Shoura分析出DNA片段，使其包含有Cre的对接位点，随后研究者将荧光标记分子插入到对接位点部位，通过使用荧光标记技术，研究者们可以成功观察到DNA环形成的每一步过程。这项研究不仅仅可以帮助我们理解基本的生物学和遗传学基础，而且或许可以开发出更为有效的治疗HIV感染的技术。
HIV在宿主细胞可以产生类似Cre的整合酶类，这种整合酶可以切割宿主细胞的DNA，并且将其DNA插入其中。研究者表示，他们的荧光标记技术也可以用于更多的实验中，来揭示HIV如何将自身的核酸插入到宿主细胞中。通过标记整个过程，研究者也可以检测干扰HIV整合酶的新型药物的药效发挥情况。（生物谷）
Measurements of DNA-loop formation via Cre-mediated recombination
Massa J. Shoura1, Alexandre A. Vetcher1, Stefan M. Giovan1, Farah Bardai1, Anusha Bharadwaj1, Matthew R. Kessinger1 and Stephen D. Levene1,2,3,*
The Cre-recombination system has become an important tool for genetic manipulation of higher organisms and a model for site-specific DNA-recombination mechanisms employed by the λ-Int superfamily of recombinases. We report a novel quantitative approach for characterizing the probability of DNA-loop formation in solution using time-dependent ensemble F&rster resonance energy transfer measurements of intra- and inter-molecular Cre-recombination kinetics. Our method uses an innovative technique for incorporating multiple covalent modifications at specific sites in covalently closed DNA. Because the mechanism of Cre recombinase does not conform to a simple kinetic scheme, we employ numerical methods to extract rate constants for fundamental steps that pertain to Cre-mediated loop closure. Cre recombination does not require accessory proteins, DNA supercoiling or particular metal-ion cofactors and is thus a highly flexible system for quantitatively analyzing DNA-loop formation in vitro and in vivo.
(责任编辑：yan.mao)
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