王祖贤有两段公开恋情，一个是与歌手齐秦，另一个是与富商林建岳。有人说她与齐秦分手是因为攀附富商林建岳，也有人说她受不了齐秦的前女友和私生子等等，众说纷纭。
她与齐秦是在1987年拍摄电影《芳草碧连天》时相识并交往，在15年的感情生活里不断分分合合，在2001年底正式结束了这段恋情。
许多人都以为王祖贤抛弃齐秦是因为事业，所以选择了富商林建岳，但事实并非如此。据香港一位从事20年的娱乐记者爆料，王祖贤与齐秦的分手没有这么简单！
当时在香港有一个知名杂志《报章杂志》，这个杂志社会不分昼夜地报道两人的感情发展情况，不管是在香港的街头还是台北的街头，只要两个人牵手，就会成为第二天的头条新闻。
两个人为了摆脱这种跟踪与束缚，所以共同想了一个计策：“假分手”，从而来减少媒体的关注，那时候他们俩哄骗媒体的理由是：异地恋和性格不合等原因。这样一来，确实给他们俩带来了些许安宁。
但是只要王祖贤和齐秦再次同时出现的话，那么肯定是躲不掉香港狗仔队的眼睛，所以他们两个人就有了多次分分合合的经历，也正是因为假分手次数太多，加之外界过分地影响，最后假戏真做，结束了长达15年的爱情长跑。
王祖贤息影的最后一部电影是2003年拍摄的《美丽上海》。当时富商林建岳死缠烂打追求王祖贤，王祖贤知道他有家庭有老婆，自己孤傲的性格也不愿成为别人的第三者，可是林建岳多次为她解围，给她买豪宅求爱，承诺与妻子离婚等，这才让王祖贤一步步沦陷。
林建岳最终还是没能离婚，选择了家庭抛弃了王祖贤，在一个访谈节目中他坦言：“当时我们都还很年轻，在一起也都觉得轻松与开心，但后来我也反应过来，不能与太太离婚。”就这样王祖贤变成了插足别人婚姻的第三者。
在那个时候她饱受了社会的冷眼，最终告别娱乐圈背井离乡远赴他国。时至今日，51岁的王祖贤始终没有再嫁，只身生活在加拿大。此前有记者询问她当下感情状况时，她说：“我的感情在生前已经了了”。
