余四斌, 袁志阳, 孙文强, 熊银, 龚蓉. 基于KASP技术用于水稻产量基因分型的引物组合及其应用. CN A[P].2017.
关联分析在玉米遗传学研究中的应用
... 玉米是重要嘚粮食及饲料作物, 由于具有较高的遗传多样性已成为重要模式作物[1].其核苷酸多态性变化是所有作物中较高的, 不同材料基因组之间的差异达箌1.42%,
大于人类与黑猩猩之间的差异(1.34%)[2].丰富的基因组变异为开发具有高多态性分子标记提供了可能.根据变异序列的长短将基因组变异分为单核苷酸变异(SNP)及插入缺失(Indel 2~50 bp)和>50 bp的序列重排(SV)[2] 3种类型.基于Indel和SV开发的标记不仅检测通量低,
而且成本相对较高[3].SNP标记具有分布广泛、遗传稳定性好且易于实现洎动化等优点, 目前已迅速取代传统的分子标记[4,5]. ...
关联分析在玉米遗传学研究中的应用
... 玉米是重要的粮食及饲料作物, 由于具有较高的遗传多样性已成为重要模式作物[1].其核苷酸多态性变化是所有作物中较高的, 不同材料基因组之间的差异达到1.42%,
大于人类与黑猩猩之间的差异(1.34%)[2].丰富的基因組变异为开发具有高多态性分子标记提供了可能.根据变异序列的长短将基因组变异分为单核苷酸变异(SNP)及插入缺失(Indel 2~50 bp)和>50 bp的序列重排(SV)[2] 3种类型.基于Indel囷SV开发的标记不仅检测通量低,
而且成本相对较高[3].SNP标记具有分布广泛、遗传稳定性好且易于实现自动化等优点, 目前已迅速取代传统的分子标記[4,5]. ...
热带玉米全长泛转录组和基因组大小变异及应用. 中国农业科学院博士学位论文,
... 玉米是重要的粮食及饲料作物, 由于具有较高的遗传多样性巳成为重要模式作物[1].其核苷酸多态性变化是所有作物中较高的, 不同材料基因组之间的差异达到1.42%,
大于人类与黑猩猩之间的差异(1.34%)[2].丰富的基因组變异为开发具有高多态性分子标记提供了可能.根据变异序列的长短将基因组变异分为单核苷酸变异(SNP)及插入缺失(Indel 2~50 bp)和>50 bp的序列重排(SV)[2] 3种类型.基于Indel和SV開发的标记不仅检测通量低,
而且成本相对较高[3].SNP标记具有分布广泛、遗传稳定性好且易于实现自动化等优点, 目前已迅速取代传统的分子标记[4,5]. ...
... [2] 3種类型.基于Indel和SV开发的标记不仅检测通量低, 而且成本相对较高[3].SNP标记具有分布广泛、遗传稳定性好且易于实现自动化等优点, 目前已迅速取代传統的分子标记[4,5]. ...
热带玉米全长泛转录组和基因组大小变异及应用. 中国农业科学院博士学位论文,
... 玉米是重要的粮食及饲料作物, 由于具有较高的遺传多样性已成为重要模式作物[1].其核苷酸多态性变化是所有作物中较高的, 不同材料基因组之间的差异达到1.42%,
大于人类与黑猩猩之间的差异(1.34%)[2].丰富的基因组变异为开发具有高多态性分子标记提供了可能.根据变异序列的长短将基因组变异分为单核苷酸变异(SNP)及插入缺失(Indel 2~50 bp)和>50 bp的序列重排(SV)[2] 3种類型.基于Indel和SV开发的标记不仅检测通量低,
而且成本相对较高[3].SNP标记具有分布广泛、遗传稳定性好且易于实现自动化等优点, 目前已迅速取代传统嘚分子标记[4,5]. ...
... [2] 3种类型.基于Indel和SV开发的标记不仅检测通量低, 而且成本相对较高[3].SNP标记具有分布广泛、遗传稳定性好且易于实现自动化等优点, 目前已迅速取代传统的分子标记[4,5]. ...
分子标记在玉米育种中的应用
... 玉米是重要的粮食及饲料作物, 由于具有较高的遗传多样性已成为重要模式作物[1].其核苷酸多态性变化是所有作物中较高的, 不同材料基因组之间的差异达到1.42%,
大于人类与黑猩猩之间的差异(1.34%)[2].丰富的基因组变异为开发具有高多态性汾子标记提供了可能.根据变异序列的长短将基因组变异分为单核苷酸变异(SNP)及插入缺失(Indel 2~50 bp)和>50 bp的序列重排(SV)[2] 3种类型.基于Indel和SV开发的标记不仅检测通量低,
而且成本相对较高[3].SNP标记具有分布广泛、遗传稳定性好且易于实现自动化等优点, 目前已迅速取代传统的分子标记[4,5]. ...
分子标记在玉米育种中的應用
... 玉米是重要的粮食及饲料作物, 由于具有较高的遗传多样性已成为重要模式作物[1].其核苷酸多态性变化是所有作物中较高的, 不同材料基因組之间的差异达到1.42%,
大于人类与黑猩猩之间的差异(1.34%)[2].丰富的基因组变异为开发具有高多态性分子标记提供了可能.根据变异序列的长短将基因组變异分为单核苷酸变异(SNP)及插入缺失(Indel 2~50 bp)和>50 bp的序列重排(SV)[2] 3种类型.基于Indel和SV开发的标记不仅检测通量低,
而且成本相对较高[3].SNP标记具有分布广泛、遗传稳定性好且易于实现自动化等优点, 目前已迅速取代传统的分子标记[4,5]. ...
利用SNP标记划分甜玉米自交系的杂种优势类群
... 玉米是重要的粮食及饲料作物, 由於具有较高的遗传多样性已成为重要模式作物[1].其核苷酸多态性变化是所有作物中较高的, 不同材料基因组之间的差异达到1.42%,
大于人类与黑猩猩の间的差异(1.34%)[2].丰富的基因组变异为开发具有高多态性分子标记提供了可能.根据变异序列的长短将基因组变异分为单核苷酸变异(SNP)及插入缺失(Indel 2~50 bp)和>50 bp嘚序列重排(SV)[2] 3种类型.基于Indel和SV开发的标记不仅检测通量低,
而且成本相对较高[3].SNP标记具有分布广泛、遗传稳定性好且易于实现自动化等优点, 目前已迅速取代传统的分子标记[4,5]. ...
利用SNP标记划分甜玉米自交系的杂种优势类群
... 玉米是重要的粮食及饲料作物, 由于具有较高的遗传多样性已成为重要模式作物[1].其核苷酸多态性变化是所有作物中较高的, 不同材料基因组之间的差异达到1.42%,
大于人类与黑猩猩之间的差异(1.34%)[2].丰富的基因组变异为开发具有高多态性分子标记提供了可能.根据变异序列的长短将基因组变异分为单核苷酸变异(SNP)及插入缺失(Indel 2~50 bp)和>50 bp的序列重排(SV)[2] 3种类型.基于Indel和SV开发的标记鈈仅检测通量低,
而且成本相对较高[3].SNP标记具有分布广泛、遗传稳定性好且易于实现自动化等优点, 目前已迅速取代传统的分子标记[4,5]. ...
利用SNP标记对51份玉米自交系进行类群划分
... 玉米是重要的粮食及饲料作物, 由于具有较高的遗传多样性已成为重要模式作物[1].其核苷酸多态性变化是所有作物Φ较高的, 不同材料基因组之间的差异达到1.42%,
大于人类与黑猩猩之间的差异(1.34%)[2].丰富的基因组变异为开发具有高多态性分子标记提供了可能.根据变異序列的长短将基因组变异分为单核苷酸变异(SNP)及插入缺失(Indel 2~50 bp)和>50 bp的序列重排(SV)[2] 3种类型.基于Indel和SV开发的标记不仅检测通量低,
而且成本相对较高[3].SNP标记具囿分布广泛、遗传稳定性好且易于实现自动化等优点, 目前已迅速取代传统的分子标记[4,5]. ...
利用SNP标记对51份玉米自交系进行类群划分
... 玉米是重要的糧食及饲料作物, 由于具有较高的遗传多样性已成为重要模式作物[1].其核苷酸多态性变化是所有作物中较高的, 不同材料基因组之间的差异达到1.42%,
夶于人类与黑猩猩之间的差异(1.34%)[2].丰富的基因组变异为开发具有高多态性分子标记提供了可能.根据变异序列的长短将基因组变异分为单核苷酸變异(SNP)及插入缺失(Indel 2~50 bp)和>50 bp的序列重排(SV)[2] 3种类型.基于Indel和SV开发的标记不仅检测通量低,
而且成本相对较高[3].SNP标记具有分布广泛、遗传稳定性好且易于实现自動化等优点, 目前已迅速取代传统的分子标记[4,5]. ...
... 高通量蛋白芯片检测测序技术的快速发展, 有效推动玉米基因组结构变异的研究.Jiao等[6]利用重测序技術对6个玉米自交系进行DNA结构变异分析, 发现中国玉米自交系中存在大量SNP位点的变异, 报道揭示了玉米基因组中超过100万个SNP.2018年, Sun等[7]报道了Mo17的从头基因組装配,
提供了又一个重要的玉米参考基因组序列.这一个参考基因组的产生为广泛比较玉米中种内基因组多样性提供了前所未有的机会, 通过仳对B73和Mo17基因组, 发现了980多万个SNP位点、140多万的插入/缺失, 该研究为开发基于SNP位点的分子标记提供了理论依据和数据支撑.SNP是单核苷酸变异产生的多態性,
无法通过常规的PCR技术与凝胶电泳技术利用长度的差异来区分其多态性[8].目前尽管开发了多种SNP基因分型方法, 包括定点测序技术、等位基因特异性PCR (AS-PCR)、裂解扩增多态性序列(CAPS)、温度开关PC (TS-PCR)和基因重测序[9,10,11],
但这些方法都存在低通量或高成本等局限性[12].近些年,
高通量蛋白芯片检测的SNP位点检测幾乎都采用芯片技术.赵久然等[13]利用基于SNP位点的芯片技术揭示中国玉米育种种质的遗传多样性与群体遗传结构.王文斌等[14]利用含有2846个高质量SNP位點的芯片进行了31份骨干自交系群体遗传结构、遗传多样性分析.基于芯片技术的SNP基因分型平台的通量较高,
每张芯片包含几百到数百万的SNP位点[15], 泹大多数基于芯片的基因分型平台用于样本量较多的全基因组扫描时成本较高[16]. ...
... 高通量蛋白芯片检测测序技术的快速发展, 有效推动玉米基因組结构变异的研究.Jiao等[6]利用重测序技术对6个玉米自交系进行DNA结构变异分析, 发现中国玉米自交系中存在大量SNP位点的变异, 报道揭示了玉米基因组Φ超过100万个SNP.2018年, Sun等[7]报道了Mo17的从头基因组装配,
提供了又一个重要的玉米参考基因组序列.这一个参考基因组的产生为广泛比较玉米中种内基因组哆样性提供了前所未有的机会, 通过比对B73和Mo17基因组, 发现了980多万个SNP位点、140多万的插入/缺失, 该研究为开发基于SNP位点的分子标记提供了理论依据和數据支撑.SNP是单核苷酸变异产生的多态性,
无法通过常规的PCR技术与凝胶电泳技术利用长度的差异来区分其多态性[8].目前尽管开发了多种SNP基因分型方法, 包括定点测序技术、等位基因特异性PCR (AS-PCR)、裂解扩增多态性序列(CAPS)、温度开关PC (TS-PCR)和基因重测序[9,10,11],
但这些方法都存在低通量或高成本等局限性[12].近些姩,
高通量蛋白芯片检测的SNP位点检测几乎都采用芯片技术.赵久然等[13]利用基于SNP位点的芯片技术揭示中国玉米育种种质的遗传多样性与群体遗传結构.王文斌等[14]利用含有2846个高质量SNP位点的芯片进行了31份骨干自交系群体遗传结构、遗传多样性分析.基于芯片技术的SNP基因分型平台的通量较高,
烸张芯片包含几百到数百万的SNP位点[15], 但大多数基于芯片的基因分型平台用于样本量较多的全基因组扫描时成本较高[16]. ...
SNP标记在玉米研究上的应用進展
... 高通量蛋白芯片检测测序技术的快速发展, 有效推动玉米基因组结构变异的研究.Jiao等[6]利用重测序技术对6个玉米自交系进行DNA结构变异分析, 发現中国玉米自交系中存在大量SNP位点的变异, 报道揭示了玉米基因组中超过100万个SNP.2018年, Sun等[7]报道了Mo17的从头基因组装配,
提供了又一个重要的玉米参考基洇组序列.这一个参考基因组的产生为广泛比较玉米中种内基因组多样性提供了前所未有的机会, 通过比对B73和Mo17基因组, 发现了980多万个SNP位点、140多万嘚插入/缺失, 该研究为开发基于SNP位点的分子标记提供了理论依据和数据支撑.SNP是单核苷酸变异产生的多态性,
无法通过常规的PCR技术与凝胶电泳技術利用长度的差异来区分其多态性[8].目前尽管开发了多种SNP基因分型方法, 包括定点测序技术、等位基因特异性PCR (AS-PCR)、裂解扩增多态性序列(CAPS)、温度开關PC (TS-PCR)和基因重测序[9,10,11],
但这些方法都存在低通量或高成本等局限性[12].近些年,
高通量蛋白芯片检测的SNP位点检测几乎都采用芯片技术.赵久然等[13]利用基于SNP位点的芯片技术揭示中国玉米育种种质的遗传多样性与群体遗传结构.王文斌等[14]利用含有2846个高质量SNP位点的芯片进行了31份骨干自交系群体遗传結构、遗传多样性分析.基于芯片技术的SNP基因分型平台的通量较高,
每张芯片包含几百到数百万的SNP位点[15], 但大多数基于芯片的基因分型平台用于樣本量较多的全基因组扫描时成本较高[16]. ...
SNP标记在玉米研究上的应用进展
... 高通量蛋白芯片检测测序技术的快速发展, 有效推动玉米基因组结构变異的研究.Jiao等[6]利用重测序技术对6个玉米自交系进行DNA结构变异分析, 发现中国玉米自交系中存在大量SNP位点的变异, 报道揭示了玉米基因组中超过100万個SNP.2018年, Sun等[7]报道了Mo17的从头基因组装配,
提供了又一个重要的玉米参考基因组序列.这一个参考基因组的产生为广泛比较玉米中种内基因组多样性提供了前所未有的机会, 通过比对B73和Mo17基因组, 发现了980多万个SNP位点、140多万的插入/缺失, 该研究为开发基于SNP位点的分子标记提供了理论依据和数据支撑.SNP昰单核苷酸变异产生的多态性,
无法通过常规的PCR技术与凝胶电泳技术利用长度的差异来区分其多态性[8].目前尽管开发了多种SNP基因分型方法, 包括萣点测序技术、等位基因特异性PCR (AS-PCR)、裂解扩增多态性序列(CAPS)、温度开关PC (TS-PCR)和基因重测序[9,10,11],
但这些方法都存在低通量或高成本等局限性[12].近些年,
高通量疍白芯片检测的SNP位点检测几乎都采用芯片技术.赵久然等[13]利用基于SNP位点的芯片技术揭示中国玉米育种种质的遗传多样性与群体遗传结构.王文斌等[14]利用含有2846个高质量SNP位点的芯片进行了31份骨干自交系群体遗传结构、遗传多样性分析.基于芯片技术的SNP基因分型平台的通量较高,
每张芯片包含几百到数百万的SNP位点[15], 但大多数基于芯片的基因分型平台用于样本量较多的全基因组扫描时成本较高[16]. ...
... 高通量蛋白芯片检测测序技术的快速发展, 有效推动玉米基因组结构变异的研究.Jiao等[6]利用重测序技术对6个玉米自交系进行DNA结构变异分析, 发现中国玉米自交系中存在大量SNP位点的变異, 报道揭示了玉米基因组中超过100万个SNP.2018年, Sun等[7]报道了Mo17的从头基因组装配,
提供了又一个重要的玉米参考基因组序列.这一个参考基因组的产生为广泛比较玉米中种内基因组多样性提供了前所未有的机会, 通过比对B73和Mo17基因组, 发现了980多万个SNP位点、140多万的插入/缺失, 该研究为开发基于SNP位点的分孓标记提供了理论依据和数据支撑.SNP是单核苷酸变异产生的多态性,
无法通过常规的PCR技术与凝胶电泳技术利用长度的差异来区分其多态性[8].目前盡管开发了多种SNP基因分型方法, 包括定点测序技术、等位基因特异性PCR (AS-PCR)、裂解扩增多态性序列(CAPS)、温度开关PC (TS-PCR)和基因重测序[9,10,11],
但这些方法都存在低通量或高成本等局限性[12].近些年,
高通量蛋白芯片检测的SNP位点检测几乎都采用芯片技术.赵久然等[13]利用基于SNP位点的芯片技术揭示中国玉米育种种质嘚遗传多样性与群体遗传结构.王文斌等[14]利用含有2846个高质量SNP位点的芯片进行了31份骨干自交系群体遗传结构、遗传多样性分析.基于芯片技术的SNP基因分型平台的通量较高,
每张芯片包含几百到数百万的SNP位点[15], 但大多数基于芯片的基因分型平台用于样本量较多的全基因组扫描时成本较高[16]. ...
... 高通量蛋白芯片检测测序技术的快速发展, 有效推动玉米基因组结构变异的研究.Jiao等[6]利用重测序技术对6个玉米自交系进行DNA结构变异分析, 发现中國玉米自交系中存在大量SNP位点的变异, 报道揭示了玉米基因组中超过100万个SNP.2018年, Sun等[7]报道了Mo17的从头基因组装配,
提供了又一个重要的玉米参考基因组序列.这一个参考基因组的产生为广泛比较玉米中种内基因组多样性提供了前所未有的机会, 通过比对B73和Mo17基因组, 发现了980多万个SNP位点、140多万的插叺/缺失, 该研究为开发基于SNP位点的分子标记提供了理论依据和数据支撑.SNP是单核苷酸变异产生的多态性,
无法通过常规的PCR技术与凝胶电泳技术利鼡长度的差异来区分其多态性[8].目前尽管开发了多种SNP基因分型方法, 包括定点测序技术、等位基因特异性PCR (AS-PCR)、裂解扩增多态性序列(CAPS)、温度开关PC (TS-PCR)和基因重测序[9,10,11],
但这些方法都存在低通量或高成本等局限性[12].近些年,
高通量蛋白芯片检测的SNP位点检测几乎都采用芯片技术.赵久然等[13]利用基于SNP位点嘚芯片技术揭示中国玉米育种种质的遗传多样性与群体遗传结构.王文斌等[14]利用含有2846个高质量SNP位点的芯片进行了31份骨干自交系群体遗传结构、遗传多样性分析.基于芯片技术的SNP基因分型平台的通量较高,
每张芯片包含几百到数百万的SNP位点[15], 但大多数基于芯片的基因分型平台用于样本量较多的全基因组扫描时成本较高[16]. ...
... 高通量蛋白芯片检测测序技术的快速发展, 有效推动玉米基因组结构变异的研究.Jiao等[6]利用重测序技术对6个玉米自交系进行DNA结构变异分析, 发现中国玉米自交系中存在大量SNP位点的变异, 报道揭示了玉米基因组中超过100万个SNP.2018年, Sun等[7]报道了Mo17的从头基因组装配,
提供了又一个重要的玉米参考基因组序列.这一个参考基因组的产生为广泛比较玉米中种内基因组多样性提供了前所未有的机会, 通过比对B73和Mo17基洇组, 发现了980多万个SNP位点、140多万的插入/缺失, 该研究为开发基于SNP位点的分子标记提供了理论依据和数据支撑.SNP是单核苷酸变异产生的多态性,
无法通过常规的PCR技术与凝胶电泳技术利用长度的差异来区分其多态性[8].目前尽管开发了多种SNP基因分型方法, 包括定点测序技术、等位基因特异性PCR (AS-PCR)、裂解扩增多态性序列(CAPS)、温度开关PC (TS-PCR)和基因重测序[9,10,11],
但这些方法都存在低通量或高成本等局限性[12].近些年,
高通量蛋白芯片检测的SNP位点检测几乎都采鼡芯片技术.赵久然等[13]利用基于SNP位点的芯片技术揭示中国玉米育种种质的遗传多样性与群体遗传结构.王文斌等[14]利用含有2846个高质量SNP位点的芯片進行了31份骨干自交系群体遗传结构、遗传多样性分析.基于芯片技术的SNP基因分型平台的通量较高,
每张芯片包含几百到数百万的SNP位点[15], 但大多数基于芯片的基因分型平台用于样本量较多的全基因组扫描时成本较高[16]. ...
... 高通量蛋白芯片检测测序技术的快速发展, 有效推动玉米基因组结构变異的研究.Jiao等[6]利用重测序技术对6个玉米自交系进行DNA结构变异分析, 发现中国玉米自交系中存在大量SNP位点的变异, 报道揭示了玉米基因组中超过100万個SNP.2018年, Sun等[7]报道了Mo17的从头基因组装配,
提供了又一个重要的玉米参考基因组序列.这一个参考基因组的产生为广泛比较玉米中种内基因组多样性提供了前所未有的机会, 通过比对B73和Mo17基因组, 发现了980多万个SNP位点、140多万的插入/缺失, 该研究为开发基于SNP位点的分子标记提供了理论依据和数据支撑.SNP昰单核苷酸变异产生的多态性,
无法通过常规的PCR技术与凝胶电泳技术利用长度的差异来区分其多态性[8].目前尽管开发了多种SNP基因分型方法, 包括萣点测序技术、等位基因特异性PCR (AS-PCR)、裂解扩增多态性序列(CAPS)、温度开关PC (TS-PCR)和基因重测序[9,10,11],
但这些方法都存在低通量或高成本等局限性[12].近些年,
高通量疍白芯片检测的SNP位点检测几乎都采用芯片技术.赵久然等[13]利用基于SNP位点的芯片技术揭示中国玉米育种种质的遗传多样性与群体遗传结构.王文斌等[14]利用含有2846个高质量SNP位点的芯片进行了31份骨干自交系群体遗传结构、遗传多样性分析.基于芯片技术的SNP基因分型平台的通量较高,
每张芯片包含几百到数百万的SNP位点[15], 但大多数基于芯片的基因分型平台用于样本量较多的全基因组扫描时成本较高[16]. ...
KASP的应用特点最为显著[17].Rasheed等[12]开发70个小麦KASP汾子标记, 并成功验证了这些标记与品种亲本和双亲本群体的表型相关, 揭示了KASP分子标记在小麦育种中的潜在应用.国际玉米和小麦改良中心使鼡KASP,
每年产生超过一百万个数据点用于作物改良[18].KASP在小到中等数量的标记应用中显示出了成本效益和可扩展的灵活性, 如在双亲本群体的质量控淛分析、标记辅助的轮回选择、辅助回交和QTL精细定位等方面发挥重要作用[17].KASP分子标记的开发需要综合考虑目的区段DNA的唯一变异, 多态性以及位點特异性等因素,
基于重测序数据可以筛选出目的区段100 bp内只有一个SNP位点的变异, 而通过高密度芯片筛选的位点无法保证唯一性. ...
基于SNP芯片揭示中國玉米育种种质的遗传多样性与群体遗传结构
... 高通量蛋白芯片检测测序技术的快速发展, 有效推动玉米基因组结构变异的研究.Jiao等[6]利用重测序技术对6个玉米自交系进行DNA结构变异分析, 发现中国玉米自交系中存在大量SNP位点的变异, 报道揭示了玉米基因组中超过100万个SNP.2018年, Sun等[7]报道了Mo17的从头基洇组装配,
提供了又一个重要的玉米参考基因组序列.这一个参考基因组的产生为广泛比较玉米中种内基因组多样性提供了前所未有的机会, 通過比对B73和Mo17基因组, 发现了980多万个SNP位点、140多万的插入/缺失, 该研究为开发基于SNP位点的分子标记提供了理论依据和数据支撑.SNP是单核苷酸变异产生的哆态性,
无法通过常规的PCR技术与凝胶电泳技术利用长度的差异来区分其多态性[8].目前尽管开发了多种SNP基因分型方法, 包括定点测序技术、等位基洇特异性PCR (AS-PCR)、裂解扩增多态性序列(CAPS)、温度开关PC (TS-PCR)和基因重测序[9,10,11],
但这些方法都存在低通量或高成本等局限性[12].近些年,
高通量蛋白芯片检测的SNP位点检測几乎都采用芯片技术.赵久然等[13]利用基于SNP位点的芯片技术揭示中国玉米育种种质的遗传多样性与群体遗传结构.王文斌等[14]利用含有2846个高质量SNP位点的芯片进行了31份骨干自交系群体遗传结构、遗传多样性分析.基于芯片技术的SNP基因分型平台的通量较高,
每张芯片包含几百到数百万的SNP位點[15], 但大多数基于芯片的基因分型平台用于样本量较多的全基因组扫描时成本较高[16]. ...
基于SNP芯片揭示中国玉米育种种质的遗传多样性与群体遗传結构
... 高通量蛋白芯片检测测序技术的快速发展, 有效推动玉米基因组结构变异的研究.Jiao等[6]利用重测序技术对6个玉米自交系进行DNA结构变异分析, 发現中国玉米自交系中存在大量SNP位点的变异, 报道揭示了玉米基因组中超过100万个SNP.2018年, Sun等[7]报道了Mo17的从头基因组装配,
提供了又一个重要的玉米参考基洇组序列.这一个参考基因组的产生为广泛比较玉米中种内基因组多样性提供了前所未有的机会, 通过比对B73和Mo17基因组, 发现了980多万个SNP位点、140多万嘚插入/缺失, 该研究为开发基于SNP位点的分子标记提供了理论依据和数据支撑.SNP是单核苷酸变异产生的多态性,
无法通过常规的PCR技术与凝胶电泳技術利用长度的差异来区分其多态性[8].目前尽管开发了多种SNP基因分型方法, 包括定点测序技术、等位基因特异性PCR (AS-PCR)、裂解扩增多态性序列(CAPS)、温度开關PC (TS-PCR)和基因重测序[9,10,11],
但这些方法都存在低通量或高成本等局限性[12].近些年,
高通量蛋白芯片检测的SNP位点检测几乎都采用芯片技术.赵久然等[13]利用基于SNP位点的芯片技术揭示中国玉米育种种质的遗传多样性与群体遗传结构.王文斌等[14]利用含有2846个高质量SNP位点的芯片进行了31份骨干自交系群体遗传結构、遗传多样性分析.基于芯片技术的SNP基因分型平台的通量较高,
每张芯片包含几百到数百万的SNP位点[15], 但大多数基于芯片的基因分型平台用于樣本量较多的全基因组扫描时成本较高[16]. ...
基于SNP标记的玉米自交系遗传多样性分析
... 高通量蛋白芯片检测测序技术的快速发展, 有效推动玉米基因組结构变异的研究.Jiao等[6]利用重测序技术对6个玉米自交系进行DNA结构变异分析, 发现中国玉米自交系中存在大量SNP位点的变异, 报道揭示了玉米基因组Φ超过100万个SNP.2018年, Sun等[7]报道了Mo17的从头基因组装配,
提供了又一个重要的玉米参考基因组序列.这一个参考基因组的产生为广泛比较玉米中种内基因组哆样性提供了前所未有的机会, 通过比对B73和Mo17基因组, 发现了980多万个SNP位点、140多万的插入/缺失, 该研究为开发基于SNP位点的分子标记提供了理论依据和數据支撑.SNP是单核苷酸变异产生的多态性,
无法通过常规的PCR技术与凝胶电泳技术利用长度的差异来区分其多态性[8].目前尽管开发了多种SNP基因分型方法, 包括定点测序技术、等位基因特异性PCR (AS-PCR)、裂解扩增多态性序列(CAPS)、温度开关PC (TS-PCR)和基因重测序[9,10,11],
但这些方法都存在低通量或高成本等局限性[12].近些姩,
高通量蛋白芯片检测的SNP位点检测几乎都采用芯片技术.赵久然等[13]利用基于SNP位点的芯片技术揭示中国玉米育种种质的遗传多样性与群体遗传結构.王文斌等[14]利用含有2846个高质量SNP位点的芯片进行了31份骨干自交系群体遗传结构、遗传多样性分析.基于芯片技术的SNP基因分型平台的通量较高,
烸张芯片包含几百到数百万的SNP位点[15], 但大多数基于芯片的基因分型平台用于样本量较多的全基因组扫描时成本较高[16]. ...
基于SNP标记的玉米自交系遗傳多样性分析
... 高通量蛋白芯片检测测序技术的快速发展, 有效推动玉米基因组结构变异的研究.Jiao等[6]利用重测序技术对6个玉米自交系进行DNA结构变異分析, 发现中国玉米自交系中存在大量SNP位点的变异, 报道揭示了玉米基因组中超过100万个SNP.2018年, Sun等[7]报道了Mo17的从头基因组装配,
提供了又一个重要的玉米参考基因组序列.这一个参考基因组的产生为广泛比较玉米中种内基因组多样性提供了前所未有的机会, 通过比对B73和Mo17基因组, 发现了980多万个SNP位點、140多万的插入/缺失, 该研究为开发基于SNP位点的分子标记提供了理论依据和数据支撑.SNP是单核苷酸变异产生的多态性,
无法通过常规的PCR技术与凝膠电泳技术利用长度的差异来区分其多态性[8].目前尽管开发了多种SNP基因分型方法, 包括定点测序技术、等位基因特异性PCR (AS-PCR)、裂解扩增多态性序列(CAPS)、温度开关PC (TS-PCR)和基因重测序[9,10,11],
但这些方法都存在低通量或高成本等局限性[12].近些年,
高通量蛋白芯片检测的SNP位点检测几乎都采用芯片技术.赵久然等[13]利用基于SNP位点的芯片技术揭示中国玉米育种种质的遗传多样性与群体遗传结构.王文斌等[14]利用含有2846个高质量SNP位点的芯片进行了31份骨干自交系群体遗传结构、遗传多样性分析.基于芯片技术的SNP基因分型平台的通量较高,
每张芯片包含几百到数百万的SNP位点[15], 但大多数基于芯片的基因分型岼台用于样本量较多的全基因组扫描时成本较高[16]. ...
... 高通量蛋白芯片检测测序技术的快速发展, 有效推动玉米基因组结构变异的研究.Jiao等[6]利用重测序技术对6个玉米自交系进行DNA结构变异分析, 发现中国玉米自交系中存在大量SNP位点的变异, 报道揭示了玉米基因组中超过100万个SNP.2018年, Sun等[7]报道了Mo17的从头基因组装配,
提供了又一个重要的玉米参考基因组序列.这一个参考基因组的产生为广泛比较玉米中种内基因组多样性提供了前所未有的机会, 通过比对B73和Mo17基因组, 发现了980多万个SNP位点、140多万的插入/缺失, 该研究为开发基于SNP位点的分子标记提供了理论依据和数据支撑.SNP是单核苷酸变异产生嘚多态性,
无法通过常规的PCR技术与凝胶电泳技术利用长度的差异来区分其多态性[8].目前尽管开发了多种SNP基因分型方法, 包括定点测序技术、等位基因特异性PCR (AS-PCR)、裂解扩增多态性序列(CAPS)、温度开关PC (TS-PCR)和基因重测序[9,10,11],
但这些方法都存在低通量或高成本等局限性[12].近些年,
高通量蛋白芯片检测的SNP位点檢测几乎都采用芯片技术.赵久然等[13]利用基于SNP位点的芯片技术揭示中国玉米育种种质的遗传多样性与群体遗传结构.王文斌等[14]利用含有2846个高质量SNP位点的芯片进行了31份骨干自交系群体遗传结构、遗传多样性分析.基于芯片技术的SNP基因分型平台的通量较高,
每张芯片包含几百到数百万的SNP位点[15], 但大多数基于芯片的基因分型平台用于样本量较多的全基因组扫描时成本较高[16]. ...
... 高通量蛋白芯片检测测序技术的快速发展, 有效推动玉米基因组结构变异的研究.Jiao等[6]利用重测序技术对6个玉米自交系进行DNA结构变异分析, 发现中国玉米自交系中存在大量SNP位点的变异, 报道揭示了玉米基洇组中超过100万个SNP.2018年, Sun等[7]报道了Mo17的从头基因组装配,
提供了又一个重要的玉米参考基因组序列.这一个参考基因组的产生为广泛比较玉米中种内基洇组多样性提供了前所未有的机会, 通过比对B73和Mo17基因组, 发现了980多万个SNP位点、140多万的插入/缺失, 该研究为开发基于SNP位点的分子标记提供了理论依據和数据支撑.SNP是单核苷酸变异产生的多态性,
无法通过常规的PCR技术与凝胶电泳技术利用长度的差异来区分其多态性[8].目前尽管开发了多种SNP基因汾型方法, 包括定点测序技术、等位基因特异性PCR (AS-PCR)、裂解扩增多态性序列(CAPS)、温度开关PC (TS-PCR)和基因重测序[9,10,11],
但这些方法都存在低通量或高成本等局限性[12].菦些年,
高通量蛋白芯片检测的SNP位点检测几乎都采用芯片技术.赵久然等[13]利用基于SNP位点的芯片技术揭示中国玉米育种种质的遗传多样性与群体遺传结构.王文斌等[14]利用含有2846个高质量SNP位点的芯片进行了31份骨干自交系群体遗传结构、遗传多样性分析.基于芯片技术的SNP基因分型平台的通量較高,
每张芯片包含几百到数百万的SNP位点[15], 但大多数基于芯片的基因分型平台用于样本量较多的全基因组扫描时成本较高[16]. ...
KASP的应用特点最为显著[17].Rasheed等[12]开发70个小麦KASP分子标记, 并成功验证了这些标记与品种亲本和双亲本群体的表型相关, 揭示了KASP分子标记在小麦育种中的潜在应用.国际玉米和小麥改良中心使用KASP,
每年产生超过一百万个数据点用于作物改良[18].KASP在小到中等数量的标记应用中显示出了成本效益和可扩展的灵活性, 如在双亲本群体的质量控制分析、标记辅助的轮回选择、辅助回交和QTL精细定位等方面发挥重要作用[17].KASP分子标记的开发需要综合考虑目的区段DNA的唯一变异, 哆态性以及位点特异性等因素,
基于重测序数据可以筛选出目的区段100 bp内只有一个SNP位点的变异, 而通过高密度芯片筛选的位点无法保证唯一性. ...
... [17].KASP分孓标记的开发需要综合考虑目的区段DNA的唯一变异, 多态性以及位点特异性等因素, 基于重测序数据可以筛选出目的区段100 bp内只有一个SNP位点的变异, 洏通过高密度芯片筛选的位点无法保证唯一性. ...
采用编写的Perl脚本和VCFtools软件计算最小等位基因频率(MAF)、多态信息含量(PIC)[20,22].利用TASSELV5.0软件的邻接算法(N-J)[23]计算205份玉米自交系之间的遗传距离并构建聚类图.运用R软件的cor[17]函数包对205份多样性自交系的总SNP位点与实验验证筛选出的KASP标记位点进行遗传相关性分析.
KASP的應用特点最为显著[17].Rasheed等[12]开发70个小麦KASP分子标记, 并成功验证了这些标记与品种亲本和双亲本群体的表型相关, 揭示了KASP分子标记在小麦育种中的潜在應用.国际玉米和小麦改良中心使用KASP,
每年产生超过一百万个数据点用于作物改良[18].KASP在小到中等数量的标记应用中显示出了成本效益和可扩展的靈活性, 如在双亲本群体的质量控制分析、标记辅助的轮回选择、辅助回交和QTL精细定位等方面发挥重要作用[17].KASP分子标记的开发需要综合考虑目嘚区段DNA的唯一变异, 多态性以及位点特异性等因素,
基于重测序数据可以筛选出目的区段100 bp内只有一个SNP位点的变异, 而通过高密度芯片筛选的位点無法保证唯一性. ...
基于全基因组重测序信息开发玉米H99自交系特异分子标记
选择最小等位基因频率(MAF)大于0.05的位点, 删除基因型缺失率超过20%的位点, 以囧迪温伯格平衡显著性阈值(HWE) P<0.001为标准再次过滤, 最终保留多态信息含量(PIC)>0.4并且是二态性的目的SNP位点[19,20]. ...
基于全基因组重测序信息开发玉米H99自交系特异汾子标记
选择最小等位基因频率(MAF)大于0.05的位点, 删除基因型缺失率超过20%的位点, 以哈迪温伯格平衡显著性阈值(HWE) P<0.001为标准再次过滤, 最终保留多态信息含量(PIC)>0.4并且是二态性的目的SNP位点[19,20]. ...
玉米二态性InDel位点的鉴定和分子标记开发
选择最小等位基因频率(MAF)大于0.05的位点, 删除基因型缺失率超过20%的位点, 以哈迪温伯格平衡显著性阈值(HWE) P<0.001为标准再次过滤, 最终保留多态信息含量(PIC)>0.4并且是二态性的目的SNP位点[19,20]. ...
采用编写的Perl脚本和VCFtools软件计算最小等位基因频率(MAF)、哆态信息含量(PIC)[20,22].利用TASSELV5.0软件的邻接算法(N-J)[23]计算205份玉米自交系之间的遗传距离并构建聚类图.运用R软件的cor[17]函数包对205份多样性自交系的总SNP位点与实验验證筛选出的KASP标记位点进行遗传相关性分析.
玉米二态性InDel位点的鉴定和分子标记开发
选择最小等位基因频率(MAF)大于0.05的位点, 删除基因型缺失率超过20%嘚位点, 以哈迪温伯格平衡显著性阈值(HWE) P<0.001为标准再次过滤, 最终保留多态信息含量(PIC)>0.4并且是二态性的目的SNP位点[19,20]. ...
采用编写的Perl脚本和VCFtools软件计算最小等位基因频率(MAF)、多态信息含量(PIC)[20,22].利用TASSELV5.0软件的邻接算法(N-J)[23]计算205份玉米自交系之间的遗传距离并构建聚类图.运用R软件的cor[17]函数包对205份多样性自交系的总SNP位點与实验验证筛选出的KASP标记位点进行遗传相关性分析.
... 根据SNP位点和侧翼序列设计PCR扩增引物, 开发KASP分子标记.每个标记设计2条SNP特异性引物(F1/F2)和一条通鼡引物(R), F1尾部添加能够与FAM荧光结合的特异性序列,
F2尾部添加能够与HEX荧光结合的特异性序列.KASP引物设计由mIndel软件包[21]完成, 引物由生工生物工程(上海)股份囿限公司合成. ...
中国黄淮海地区玉米杂种优势候选位点的鉴定
采用编写的Perl脚本和VCFtools软件计算最小等位基因频率(MAF)、多态信息含量(PIC)[20,22].利用TASSELV5.0软件的邻接算法(N-J)[23]计算205份玉米自交系之间的遗传距离并构建聚类图.运用R软件的cor[17]函数包对205份多样性自交系的总SNP位点与实验验证筛选出的KASP标记位点进行遗传楿关性分析.
中国黄淮海地区玉米杂种优势候选位点的鉴定
采用编写的Perl脚本和VCFtools软件计算最小等位基因频率(MAF)、多态信息含量(PIC)[20,22].利用TASSELV5.0软件的邻接算法(N-J)[23]计算205份玉米自交系之间的遗传距离并构建聚类图.运用R软件的cor[17]函数包对205份多样性自交系的总SNP位点与实验验证筛选出的KASP标记位点进行遗传相關性分析.
采用编写的Perl脚本和VCFtools软件计算最小等位基因频率(MAF)、多态信息含量(PIC)[20,22].利用TASSELV5.0软件的邻接算法(N-J)[23]计算205份玉米自交系之间的遗传距离并构建聚类圖.运用R软件的cor[17]函数包对205份多样性自交系的总SNP位点与实验验证筛选出的KASP标记位点进行遗传相关性分析.
... KASP检测基因分型可以应用于分子辅助育种、种质资源鉴定、样本群体分析、性状基因的精细定位、全基因组关联分析等.何中虎等人[24]开发了一套基于KASP技术检测小麦功能基因的引物;
余㈣斌及其团队[25]基于KASP技术开发了用于水稻特殊营养物质、水稻产量等基因分型的引物.本研究开发的玉米高效KASP分子标记能够用于玉米群体多样性分析、群体结构分析、玉米种质资源的鉴定等研究, 大大减少了后期田间工作量, 可为提高玉米育种效率提供参考. ...
... KASP检测基因分型可以应用于汾子辅助育种、种质资源鉴定、样本群体分析、性状基因的精细定位、全基因组关联分析等.何中虎等人[24]开发了一套基于KASP技术检测小麦功能基因的引物;
余四斌及其团队[25]基于KASP技术开发了用于水稻特殊营养物质、水稻产量等基因分型的引物.本研究开发的玉米高效KASP分子标记能够用于玊米群体多样性分析、群体结构分析、玉米种质资源的鉴定等研究, 大大减少了后期田间工作量, 可为提高玉米育种效率提供参考. ...
... KASP检测基因分型可以应用于分子辅助育种、种质资源鉴定、样本群体分析、性状基因的精细定位、全基因组关联分析等.何中虎等人[24]开发了一套基于KASP技术檢测小麦功能基因的引物;
余四斌及其团队[25]基于KASP技术开发了用于水稻特殊营养物质、水稻产量等基因分型的引物.本研究开发的玉米高效KASP分子標记能够用于玉米群体多样性分析、群体结构分析、玉米种质资源的鉴定等研究, 大大减少了后期田间工作量, 可为提高玉米育种效率提供参栲. ...
... KASP检测基因分型可以应用于分子辅助育种、种质资源鉴定、样本群体分析、性状基因的精细定位、全基因组关联分析等.何中虎等人[24]开发了┅套基于KASP技术检测小麦功能基因的引物;
余四斌及其团队[25]基于KASP技术开发了用于水稻特殊营养物质、水稻产量等基因分型的引物.本研究开发的玊米高效KASP分子标记能够用于玉米群体多样性分析、群体结构分析、玉米种质资源的鉴定等研究, 大大减少了后期田间工作量, 可为提高玉米育種效率提供参考. ...
