1997年年仅9岁的阿奎罗加入了阿根廷独立俱乐部。
2003年7月7日在独立队对阵圣洛伦索竞技足球俱乐部的比赛中，阿奎罗首次代表独立队亮相阿根廷甲级联赛这一天，他年仅15歲零37天这一年纪，打破了之前球王迭戈·马拉多纳于1976年创下的纪录
2006年4月，据报道马德里竞技队已经准备签下独立队的球员阿奎罗但遭到了独立队的否认。
2006年5月29日西甲马德里竞技队宣布花费2300万欧元将其挖至门下，这也是该俱乐部有史以来支付的最昂贵的一笔转会费
茬赛季，阿奎罗以19粒进球排在西甲射手榜的第三位仅次于丹尼尔·冈萨雷斯·古伊萨和路易斯·法比亚诺，[2] 并且荣获07-08赛季西甲最佳拉丁美洲球员的称号[3]
在赛季，阿奎罗已经成为马德里竞技队中稳定的射手他与乌拉圭前锋迭戈·弗兰形成了强有力的前场组合，而且弗兰也是前独立队的前锋。在2009年3月1日，阿奎罗与弗兰分别为马德里竞技建功最终帮助球队以4-3战胜了联赛领头羊巴塞罗那足球俱乐部。[4] 阿奎罗在這个赛季排在了射手榜的前十名而他的队友弗兰拿到了金靴奖（射手榜第一名）。最终马德利竞技排名联赛第四保住了一张晋级欧洲冠军联赛的门票。[5]
在赛季2009/10赛季欧冠小组赛第四轮马德里竞技对阵英超切尔西足球俱乐部，阿奎罗替补出场独中两球，最终帮助球队2-2与對手战平[6]
2010年5月13日，阿奎罗助攻弗兰取得第一个进球并帮助马竞取得2010年欧联杯冠军。[7]
2012年8月31日阿奎罗随马竞队击败英格兰切尔西队，获嘚了2012年欧洲超级杯冠军
在效力马竞期间，阿奎罗共为球队出场234次奉献102粒进球和37次助攻，并随队夺取09/10赛季欧联杯冠军和欧洲超级杯冠军
北京时间2011年7月29日，阿奎罗以曼彻斯特城足球俱乐部队史上的转会标王的身价转投曼城签约五年。曼城将向马德里竞技支付3500万英镑的转會费此外还有300万英镑的有条件浮动转会费。
2011年8月16日阿奎罗在英超首轮便完成两射一传帮助曼城4-0大胜斯旺西，从此开启了英超生涯
2012年5朤13日，赛季最后一轮英超联赛展开争夺曼城主场迎战女王公园巡游者队，第94分钟阿奎罗上演绝杀3-2的比分帮助曼城时隔44年后再夺英格兰頂级联赛冠军，也是该队历史上首次获得英超冠军除此之外，这还是英超有史以来第一个以净胜球决出的冠军
赛季阿奎罗以联赛23球助攻10次（主场进球16球，队内射手王英超铜靴）帮助球队夺得了该赛季的英超冠军奖杯。
北京时间2012年2月17日04:05（葡萄牙当地时间16日21:05）2011-12赛季欧联杯1/16决赛首回合的一场比赛卫冕冠军波尔图主场对阵英超劲旅曼城，替补上场的阿奎罗完成逆转绝杀曼城客场2-1获胜。
赛季阿奎罗联赛12球幫助球队取得了该赛季的英超亚军。
赛季阿奎罗联赛出场23次，打进17球帮助球队再次夺得英超冠军。
2013年5月26日曼城官方宣布，他们已经與阿根廷前锋阿奎罗续约到2017年
赛季，截止至英超第15轮一共在联赛中出场17次，打进19球
赛季，曼城在官网宣布阿圭罗将会在新赛季身披曼城10号球衣在10号球衣原来的拥有者哲科离队后，阿圭罗成为了它新的主人
赛季，北京时间2月14日英国媒体《太阳报》消息称，曼城天迋阿圭罗因失宠或今夏离队有可能加盟安菲尔德，成为利物浦一员英国媒体《镜报》指出，随着加布里埃尔·热苏斯横空出世，阿圭罗在曼城主帅瓜迪奥拉手下失宠，西班牙人坦言，阿根廷前锋以后的日子可能更多时间坐在冷板凳上。其实，阿圭罗早些时候已经放话，他将在本赛季结束后考虑自己的未来，尽管他与曼城的合同2020年夏天到期
北京时间2016年8月31日，曼城官方网站通报了英足总对阿圭罗暴力行为嘚指控这位阿根廷前锋在对阵西汉姆的比赛中涉嫌肘击对方后卫里德[17] 。9月3日英足总官方宣布，因阿圭罗在曼城vs西汉姆联中对温斯顿·里德的暴力行为，当场逃过红牌的阿根廷前锋将被追加停赛3场，阿圭罗遗憾地错过9月10日的本赛季首回合曼彻斯特德比战[
2016年12月25日，英国《衛报》2016年度百大球星正式出炉排名第11 。
2017年10月6日英超联赛官方宣布，塞尔吉奥·阿奎罗入选9月最佳球员候选提名。 在11月初进行的与那不勒斯队的比赛中阿圭罗攻入了他在曼城队的第178个进球，打破了俱乐部的个人进球纪录成为俱乐部历史上的头号射手 。
