凤眼菩提佛珠是藏传佛教极为推崇的佛珠品类之一在藏传佛教中，菩提子佛珠即指凤眼菩提佛珠

近代对于汉地影响最大一位藏密祖师诺那活佛曾开示说：“最好有一串凤眼菩提子念珠，修一切法均可通用功德最大”。格鲁派祈竹仁波切也开示说：“佛陀是在菩提树下成道的菩提珠本身的坚硬特质叒有吉祥的表义，所以菩提珠适合作任何法门的修持”金安一居士所着《密宗辑要》一文也说：“修一切法均可用凤眼菩提子珠。”

汉傳佛教中也不乏青睐凤眼菩提者。如净土宗大德黄念祖居士他持用凤眼菩提，而且这串凤眼念珠在往生后化为念珠舍利（详见后面的數据）；台湾散文家林清玄居士也偏爱凤眼菩提他着有一篇散文《凤眼菩提》，即以其珍爱的一串凤眼菩提为线索展开颇为引人入胜。

用凤眼菩提子修持功德最大其原因为何？对此智敏?慧华上师开示说：若了义地解（诺那）祖师之开示，乃指安住菩提心体若持咒、甚或不持咒，皆具最大功德

当代净土宗大德黄念祖居士也持用凤眼菩提佛珠，在往生后此凤眼菩提佛珠化为念珠舍利，详见以下記载：

《集科学家与佛学家于一身的人——黄念祖老居士》一文记载：“一九九二年四月七日荼毗遗骨洁白，获五色（红、黄、白、绿、黑）舍利子数百粒坚固不坏念珠十颗，并于往生七日从所供油灯灯芯中崩出念珠舍利两颗。”

索达吉堪布著作《密宗虹身成就略记》记载：黄念祖老居士于1992年3月27日凌晨示疾一笑往生去世后十二天火化，抬遗体时遗体柔软并感到明显变轻，手指都能活动时而发出渏香。火化后老人随身带去的凤眼菩提念珠经历大火而不坏，遗骨洁白如玉并从骨灰中先后拾得五色舍利三百余粒。

二手持珠当心上静虑离念心专注，本尊瑜伽心一境皆得成就理事法。设安顶髻或挂身或安颈上及安臂，所说言论成念诵以此念诵净三业。由安顶髻净无间由带颈上净四重，手持臂上除众罪能令行人速清净。若修真言陀罗尼念诸如来菩萨名，当获无量胜功德所求胜愿皆成就。

密教中由于三部（胎藏界）、五部（金刚界）修法之不同对于佛珠也有着特殊的要求，与平时常用的佛珠相比是有所不同的。据《蘇悉地羯罗经》说：“佛部用菩提子珠观音部用莲花子珠，金刚部用噜椰罗叉子珠”又据《守护经》及《瑜伽念珠经》说：“佛部用菩提子珠，金刚部用金刚子珠宝部用金等诸宝珠，莲花部用莲花子珠羯磨部用种种和合珠。”又近人金安一居士所着《密宗辑要》一攵说：“修增法用琥珀珠修息法用水晶珠，修坏法及长寿法用珊瑚珠修诛法用人头骨珠，修观音法用菩提子珠修一切法均可用凤眼菩提子珠。”