文献管理器有什么软件比较好，它们是怎样使用的？
最好能支持下工科领域的需求，工科会经常读扫描格式的老文献，这方面很多新兴的管理软件（如readcube）支持很一般
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离线软件方面，我很早的时候，用过一段时间Reference Manager，当时我试用过Note Express，后来转到EndNote之后，就一直用到现在了。其实我很早就听说过EndNote，之所以一直用Reference Manager这么长时间，其实是懒得搬数据。所以我原本认为，其实用户转换文献管理软件的门槛是很高的，新软件很难抢到老用户。事实是不是这样呢，我没有统计数据，但我就很不明白为什么这么多人喜欢用Mendeley（Zotero我也用过，觉得不错，但是自从我浏览器改用Chrome之后我就不用Zotero了。我对它的喜爱不至于像某些人那样“装Firefox完全只是为了用Zotero）。我还用过CiteULike、Connotea等网站，也都很快就弃用了。最近ACS出了一个ChemWorx，我也试用了一下。还有ReadCube我也用过。由于上述说的软件我很久都没用了，现在的情况是如何，我也不大清楚。先讲所有这些应用最大的问题。EndNote的老用户往往已经把文献分成不同的Group了。所以，除非有软件能够直接破解EndNote的enl文件（以及同目录下的.data文件夹），实现“完美导入”，否则只要换软件，原来的Group分组信息就一定要丢失。我从读博士开始到现在，几乎所有文献，都放在一个库中，叫做gelation.enl（凝胶化）。它包括了流变学方面和胶体物理方面的所有文献。我也分了很多Group。不把这个库全导出来的话，我是没办法真正更换一个新的文献管理软件来工作的。但是，估计破解EndNote的文件格式是违法的，所以那些遵纪守法的老外是不会动这个心思，所以Group信息是永远无法顺利地导出的了。当然，有一些权宜的办法。例如对于Mendeley，可以先在EndNote里给同一个Group的文献添加相同的label（可以一次批量操作），再导出成bib-tex格式。导入到Mendeley时，label项会导入成tag，然后在Mendeley中按tag来fil-ter就可以看到原本属于同一个Group的文献了，这时再把这些文献搬到Mendeley相应的folder里。这个工作量至少是还可以接受的。第二个也很普遍问题就是字符。这也应该是EndNote本身的错。EndNote导出的文本格式没有办法处理带重音符号的拉丁字母（很多人名会有，而且我还有一些文献是德语的），在EndNote软件里是正常显示的，但导出成文本文件之后就会变成一个中文乱码。这个中文乱码就会被导入到任何其他文献管理软件中。第三个问题就是排序。除了Reference Manager、EndNote和NoteExpress（印象中）之外，其他的管理软件的排序功能都很局限。可能是因为我学过一点数据库原理，我明白无论界面多么傻瓜，文献管理软件其实都是一个数据库。一条文献包含这么多的属性，都是可以用来排序的，可以先按属性一升序、再按属性二降序、再按属性三升序……可是，除这三个软件之外的其他软件，最多只支持一按一个属性排序，而且只能在年份、作者、题目等属性中选择。我在EndNote里是会使用Label项来进行一些标记。最常见的方式是标记了笔记本的页码。由于我阅读文献会有记笔记的习惯，在笔记本上会有页码。因此，一个文献记录，如果label上有个数字，就说明这个文献我看过，当时记过笔记，可以翻开笔记的相应页码来快速回顾，就不用重新看全文了；如果label上是空的，就说明我没有认真阅读过。所以，如果先对Label排个序，所有没记过笔记的文献就会全部集中在一起；再按年份排个序，这些没记过笔记的文献就会按年份来排序，我可以按此顺序一篇一篇地阅读和记笔记。再有，由于我从读博开始的近三千篇文献都放在一个库中。如果我在阅读文献的时候，看到一篇被引文献我也需要，首先就要判断我是不是已经有这篇文献了，因为这么多篇文献我脑子是记不得某一篇我是否已经有了的。这时我就要在EndNote里，先后按期刊名、卷和页来排序，这样我一拉scroll bar就很快能够找到相同期刊相同卷的地方，有没有这一页就一目了然了。总之，我会经常善用属性排序（而不是search）来查找定位，这也许是数据库的思维习惯使然。在添加条目操作时就具有一个杜绝重复和冗余的机制，而不是等产生了冗余之后再查重，这一原则可能也来自于数据库原理。因此对那些光有个search功能但排序功能很弱的文献管理软件我都觉得不适应。有的文献数据库，文献多起来就反应慢，这是数据库引擎比较低级的反映，这些都比不上EndNote。接下来就是关于PDF文件的管理问题。我一直都很不明白为什么这么多人会青睐这一功能。稍微有点常识的人就会知道这一功能是超出目前技术水平的，是绝对做不好的。首先，PDF文件有两种情况，一种情况就是里面的文字和图象都是基于元数据重新渲染的，另一种情况就是完全是未进行OCR的图象。要从PDF文件中识别出年份作者标题等信息，就需要PDF文件是前一种情况，能从中读出文字信息。而我这个人是喜欢看上世纪中叶的文献的，这些PDF都是影印版或者不良OCR版。再加上，这样的过刊很多时候网络数据库没有全文全限，我都是通过中科院文献互助系统从别的图书馆影印回来的，连字都是歪的，很难指往有什么OCR能把这些字识别好。光这一条满足不了就基本没戏了。我的库可能有一小半都是这种情况。ReadCube的设计似乎是要让用户完全依赖于从PDF识别来导入信息的。它的PDF导入功能确实比我想象中的要出色（主要是它充份利用了PubMed和Google Scholar的api，只要能从PDF中识别出任何最少的足够信息就直接可以在PubMed或Google Scholar上获得其他信息），但也难免有很多无法识别的PDF。ReadCube对这些PDF的处理方式是：仍然要用户从PubMed或Google Scholar上找到相应的条目来应用到PDF上，不允许自己输入！问题是有很多PDF，我自己在浏览器上Google Scholar是能查得到条目的，但是在ReadCube里面上Google Scholar却查不到。我猜这可能是Google Scholar的API有问题，但ReadCube就自愿受API问题的限制了？事实上，如果ReadCube对这类PDF可以支持像Zotero那样，访问文献网页抓取信息，就能够很好地解决此问题。除了PDF识别问题之外，识别出来的信息，也需要分类编排。学术文献是有很多种的，有Book、Book chap-ter、jour-nal、patent、dis-ser-ta-tion等等，这些都以是PDF文件。ReadCube的PDF识别好像默认了这个库里只能有jour-nal这一类型的文献。可是至少我在写论文的时候我不会只引用jour-nal。假如我工作完全用ReadCube，我要引用book的时候我岂不是要另外再打开我的EndNote？要求一个软件把PDF的文字识别出来之后，从排版和页眉页脚信息的特征识别出这是一个book还是book chap-ter还是jour-nal还是dis-ser-ta-tion，要求实在太高了，在可以预见的将来这一点都肯定是做不到的。无论如何，想要直接从PDF中识别信息，愿望很美好，但只要它不是接近100%可行，我就不想依赖它。为什么说这个愿望很美好而又要求它100%呢？因为，假如能从PDF中识别所有信息，我下载任何PDF就不用重命名，也不用记得同时导出RIS并导入到EndNote库中以保持一一对应了，以上的好习惯一旦不遵循，我的PDF文件夹将会是一团糟，这时就真的要完完全全地依赖数据库的PDF识别功能了。假如这一功能还不是100%有效，想想我有几千篇文献（和PDF），有个那么1%我就要手动输入十几篇了，还找不到源PDF在哪儿（因为命名全是乱的）。正因为如此，我根本就不会对文献管理软件的PDF自动识别管理功能抱有任何期望。像ReadCube这种完全依赖在这个功能上的产品，用处就相当于零了。至于像Mendeley这样（以及EndNote X5以上版本），把已有文献数据跟硬盘中的PDF文件链接起来，可以直接在文献数据库中打开PDF文件来阅读的功能，我觉得也没必要。我对一个PDF阅读器产品本来就另有要求。首先，你有没有给我的电脑添加一个PDF打印机？如果没有，我岂不仍然要另外再装一个Acrobat Professional吗？假如我反正要装一个Acrobat Pro我有啥为何不在那儿看？Acrobat Pro支持画下划线（而不仅仅是高亮。我讨厌用高亮，偏好用下划线），而且还可以设置成波浪形的下划线。Acrobat还支画圈画框画箭头，有时一个公式我框一下，曲线有一个转折点我用箭头指一下。Acrobat还支持基本的窗口操作例如把同一个文件的窗口分成两半，这样的话，我上一半看正文，下一半看参考文献列表，那就不用在正文和参考文献头尾两种来回拖动了。如果可以的话我恨不得分三半，第三半看图，解决文中说“see Fig. 3(b)”结果Fig. 3(b)在下一页的问题。对于一些较新的PDF文件Acrobat还可以进行搜索。可以对PDF进行修改。例如有的paper会另外有一个sup-port-ing infor-ma-tion文件，我就会把原文和sup-port-ing infor-ma-tion合并为一个PDF文件，类似这样的操作在Acrobat里都可以解决。相比之下，那些文献管理器附带的PDF阅读功能实在是鸡肋，不明白为什么这么多人青睐，还作为一个卖点了。是不是像我这种哪类软件都成为深度用户的人就注定不幸福，可我也不见得是什么深度用户啊？果粉们不是说，品味高的用户必然会不约而同地选用苹果产品吗？我都没有选用苹果产品，用Windows用得这么爽，我一定是个坏品味的吊丝。为什么我仍然不满呢？我还要补充一下，学术文献的文件格式，不仅仅只有PDF文件。中文文献会需要用CAJViewer来阅读（就算期刊论文在CNKI可以选择下载为PDF格式，但博士和优秀硕士论文只能下载为.nh格式文件，必须在CAJViewer里看），光整合PDF阅读功能，也并没有100%。不是100%的话，我就不敢全依赖在它上面。为什么我反复提到如果不是100%我就不敢全依赖呢？所谓“依赖”是什么意思呢？我在知乎上说过，我的工作思维是，先花专门的时间把规则设计和定义好，然后不加思索地按规则办；先编程再运行；先把CSS样式表设置好，再在编写HTML应用相应的样式；在Word里先把样式表定义好了，再按要求应用样式；而不是在打字的过程中，这里要加粗就加粗，那里要斜体就斜体。如有修改，就是修改定义，同时应用在所有实体上。按照相似的思维，在工作上，我一定要保证我所遵循的work-flow是比较合理，能够适应大多数情况的，因为之后我做的事情就是不假思索地按照这个work-flow去操作，就好像电脑严格按照已编好的程序来运行一样。因为，如果你的工作流程是每步都需要你看当时的情况来取舍，每步都要“随机应变”；工作流程也不固定，一会儿这样一会儿那样的话，你工作的需时就不好估计，你对你的工作进度就容易失去控制。你的work-flow越是连个机器人都能完成，就越高效。越是要你时时处处都用模糊智慧去取舍、去回味、去条件判断分支，就越低效。所以如果一个工具给到我的功能不是100%能实现，这就等于在我的work-flow中种下一个不可靠因素，一个隐患；我的work-flow就定义得不严密。真按它那样长期运行，很容易就栽在这个隐患上，到时我就要很麻烦地脱离机器人状态，花时间研究解决临时发生的问题，很拖进度。最后就说到整合Word软件了。但这个功能，我只有EndNote的经验，其他软件因为在以上指标都有各种不适之处，所以我都没有长期使用。但我有一个印象比较深，就是Mendeley和Zotero都采用，采用啥我不管，CSL想开源通用化我原则上也欢迎。但你必须同时提供有一个可视化的编辑器以便用户自行定义cita-tion style啊。现在我再搜，似乎有一些了，也不知道好不好用。但在我当年使用Zotero和Mendeley的时候，我是找不到第三方编辑器的，我也没有精力去自己学习CSL语法。最后就是“云”功能。“云”的概念大家都欢迎。大家都希望啥都能“云”。但是中国大陆目前的带宽和访问国外网络的状况，限制了我们不是什么东西都适合“云”。就好像我上一篇关于笔记软件的文章那样，我的笔记，以及我的文献数据库，都可能会占用一个比较大的文件空间。同步这样的文件往往需要很长的时间。假如我使用一个软件，工作的时间花掉了，还要花额外的时间等它同步完毕，那谈何提高工作效率呢？如果我用Mendeley识别我的PDF文件夹（2734个PDF文件），它会死。如果不识别PDF文件夹光导入文献数据（2.8k+），倒还可以（反应还是会慢些），但如果仅仅是这样我干嘛不用EndNote呢？EndNote更明快，前面也提到了还有排序功能的问题。再者，我为何啥软件都要自带云同步？现在已经有drop-box了。就好像我在上一篇文章里谈到的那样，OneNote就算没有整合SkyDrive，由于它的笔记文件是很清晰可以找得到的，也可以按用户意愿来修改存放位置。想要云同步的话，把文件放在Dropbox里就解决了。但若像Evernote这样，数据存在神秘的文件组合里，你还真只能依赖它自己的云功能，碰上恰好它的服务器很烂你每次同步都很痛苦，那就只好跟它说88了。EndNote的数据库文件也不算复杂，一个.enl文件带一个同名的.data文件夹，我习惯把这个跟我的PDF文件放在Dropbox的同一个文件夹里，就一起同步掉了，何需EndNote自带什么同步功能？我知道还有个EndNoteWeb，但我从来不用。EndNote是收钱的软件，当然做得好。Mendeley和Zotero是免费的，很多人说这很难得，做得不好情有可原。事实上如果它做得好，收费我也不是不愿意花钱，做得不好，我才不管它是不是免费。既然做免费软件压力这么大，我觉得花时间开发网上同步的功能框架就是完全浪费时间。有Dropbox用户不会用吗？你只需要把数据库文件做得简单易找些就行了。多花点资金和精力放在软件本身的细节上岂不更好？Read more:
mendeley！喜欢这个软件，迭代更新快，不断推出喜欢的新功能，就像人的进步，很多功能，已经远远超越endnote了。先简要说几个值得提的功能：1. mendeley的pdf编辑器（我现在很少用本地的foxit阅读器了）2. 同步功能 （多个电脑，ipad直接同步文献，同步标记等。）3. pdf全文检索 （写论文的时候，就知道有多爱这个功能了。）4. 多种快速的添加文献的方法 （我最喜欢doi直接添加，chrome下的小书签也值得推荐）5. 共享功能6. 多级分组7. 预测相关文献（后期的一个更新功能，可以根据你文件夹中的论文，给你推荐相关论文）8.目录content功能（1.11 新功能）自动识别pdf中的目录，类似于书签功能.9. Enrichments - For supported papers, the Enrichments tab displays tables and figures found in the paper, allowing you to navigate the paper more quickly. You can also copy table data directly to the clipboard for further analysis in other apps.10. 缺点：1. 同步可能出现失败问题，这个是国内环境的问题，因人而异。2. 参考文献格式经常出现小错误，这个是个大硬伤，只能先忍着了。3. 标记不能导出（pdf上的标记是独立于pdf文件而存在于个人的mendeley账户的，说是优点也是优点，这样我不用管我的pdf文件是否丢失，反正标记都不会丢失）（现在可以了。-）日14:06:27补充日根据今天的1.11更新信息补充8==============mendeley与endnote===========前几天怀念了一些endnote，就顺手查了一下最新的x7的新功能，看看有没有激动人心的地方，最后大失所望。1、PDF自动导入：PDF Auto Import Folder2、PDF自动重命名：PDF Auto Renaming Options3、PDF导入自动分组：PDF Import & Create a Group Set4、参考文献分组功能：Categorize References5、PowerPoint插入功能6、可查询PDF标注文字7、 Sync 同步功能进一步加强8、改进阅读与未读（Read/Unread）及评分（Rating）功能9、新增文献类型：Podcast, Interview, Press Releases10、手动更改Library 位置和mendeley相比，真的没有几个杀手锏的功能，很多的更新，mendeley本身就有，或者用其他方法很容易实现，比如第五条，mendeley中直接邮件copy as formated citation就是相似的结果。
当然了，软件只是个工具，各有优缺点，软件也是生活态度的体现，过分追求软件，就忘了自己是做什么的了，要警示自己。
===经过比较，还是觉得
的文献管理方案更好：舍弃Mendeley，使用Endnote X6管理文献，该版本支持在文献pdf内搜索。使用dropbox（或其它文件同步软件）同步数据（包括endnote文献库、pdf文献等一系列文件）。库内内容可同步至endnote web。===我的文献不是很多，只有几百篇，所以对大量文献快速管理没有要求。主要用Web of Science 结合 HistCite做领域入门，用Mendeley管理文献，用Endnote做批量下载和参考文献生成。使用PDF-Xchange Viewer阅读。1. 文献检索1.1 快速搜索、刚刚入门一个领域的时候，使用google search和google scholar，随便看看。1.2 大概知道领域关键词、研究热点前沿和确切了解自己要研究哪一个小分支以后，用Web of Science的Advanced Search搜索文献，相当赞啊！1.3 Web of knowledge (Web of Science)的检索结果可以导出给HistCite分析，看到领域的重要文章和发展脉络。可参考 2. 下载文献2.1 大部分不是很重要的文献只看摘要，或者在网页上看fulltext，只下载重要的文献。2.2 单篇或少量文献下载：有权限就可以下载。2.3 大量文献下载：Endnote。比如，用Web of Science搜索到关于抗体晶体结构的文献，可能有几百篇，如果想要批量下载，可以从Web of Science导出文献目录到Endnote，使用Endnote的Find fulltext功能批量下载。Mendeley好像没有这个功能。3. 管理文献：Mendeley （Endnote管理方式也很好，见
的答案）3.1 导入文献：可以批量导入文件或文件夹，也可以直接拖动PDF到Mendeley。3.2 同步文献：所有文献自动云同步（citation信息和pdf文件全都自动同步噢耶）。3.3 管理：支持folder、tag、needs review、favourites等方式管理。3.4 搜索：不仅可以搜索文件citation信息，同时也在文献内部搜索，高科技啊（不知道新版Endnote有没有这个功能）。3.5 共享：可以建群组，群组内的文献自动同步。也可以方便在Mendeley软件内部share文献给同事。3.6 从pdf文件识别的citation信息自动更正。3.7 不识别中文pdf。3.8 Mendeley支持windows, Mac, Linux。4. 论文参考文献生成：EndnoteEndnote有大量现成的output style文件，并可以灵活自定义，和MS Word、Open Office（可能还有Latex？没用过）都可以联用。5. PDF阅读：PDF-Xchange viewer支持键盘快捷键自定义（单键也可以，比如可以定义，按键盘上的L自动切换Highlighter工具）。Foxit Reader最近也开始支持这个功能。6. 补充文献管理软件ReadCube可以支持自动识别PDF文献中最后的被引文献，并把这个被引文献列表放到阅读器的右边，这样想要阅读哪个被引文献的时候，就不需要滚到最后再滚回来了，是个贴心的功能。只是ReadCube其它功能实在不够强大，只能忍痛割爱。==日补充==买了ipad来折腾，试用iOS上的Endnote来同步文献，感觉很好。所有电脑上的文献条目、附件和分类都可以通过Endnote Web同步到ipad，标记、阅读也很方便。
我一直用的是 Zotero，使用时需要安装一个它的本地软件再安装一个它的浏览器插件。个人感觉它完美的解决了管理文献的方方面面需求。1. 下载文献我一般搜文献都是去 Google Scholar 搜，然后搜到了就顺着链接点进期刊官网那篇 paper 的网页。这时，安装了 Zotero 的浏览器插件之后（各个主流浏览器都支持），Zotero 可以自动识别这是期刊网站，于是会在浏览器插件那里出现一个按钮，点一下就可以自动把这个网页对应的 paper存进 Zotero 里，Zotero 会自动识别 paper 标题、作者、年份、摘要等各种信息。如果需要的话，也可以在 Zotero 里设置自动下载 pdf。因此一旦打开了各个期刊官网某篇 paper 的链接之后，保存 paper 只需要点一下鼠标即可。这方面是 Zotero 与其他各种文献管理器相比而言最最出彩的地方。另外一种导入的方式是通过 pdf 直接导入，做法是直接拖进去... 然后可以右键那个 pdf 文件选择 retrieve meta information from pdf，如果是常见期刊的 paper 的话应该能自动提取出信息了，不过碰上那种什么苏维埃物理学杂志的扫描版老文件就只能自己输入 paper 信息了。2. 管理文献前边提到了，Zotero 会自动识别出 paper 标题、作者、年份、摘要等各种信息，因此可以按作者排序、按年份排序等等。这样管理 paper 比传统的文件夹-pdf文件的方式好一万倍，不过其他文献管理软件在这方面其实都做得差不多。顺便说一句，在 Zotero 里可以建不同的 Library，不同课题的 paper 可以放在不同的 Library 以便管理。前边说的一键下载，下载后的位置就是你当前打开的那个 Labrary。3. 导出引用Zotero 对导出成 Word 和 bibtex 都提供支持。只要全选某个 Library 或者手动选择文章然后点击导出即可，格式可以在设置里边调整，Zotero 提供了丰富的选项比如说 PRL 的格式、Nature 的格式等等，完全不需要手动再怎么调整了。同样的，这个功能比起手动调整引用格式来说方便一万倍，不过其他文献管理软件也都做得差不多好用吧。4. 平台支持Zotero 全面跨平台跨浏览器，支持从 Windows、Linux、Mac OS X 到 iOS、Android 的所有操作系统，支持 Chrome、Firefox、Safari 等所有主流浏览器。而且可以通过 Zotero 自带的同步功能进行同步，如果觉得那个容量太小了又不想花钱，也可以通过 Dropbox 来实现各个设备之间的同步。5. 费用桌面版免费！iOS版
看了一圈，大家的发言都很有价值。但现在的回答中缺少对LaTeX对应文献的描述。补一个。我工作环境主要是Macbook Pro，写论文主要用latex。latex对应的文献格式是.bib的，可以参考这个维基词条。绝大多数数据库搜索到的论文都支持bibtex格式（CNKI等国内的数据库除外），在我写完博士论文之后，惊喜的发现现在也支持直接输出bibtex格式的文献源代码了。只可惜精确度还有待提高。支持用图形化界面管理.bib格式文献库的软件，推荐使用jabref
，需要首先安装java支持。优点么，图形化，跨平台，免费。缺点么，功能比较简单，与endnote note express之类的无法比。不过如果你用latex写论文的话，就必须用bibtex，使用.bib格式的文献库，jabref就是几乎唯一的选择了（除非你像我最开始那样，用emacs直接编辑.bib文件...）。我2007年开始读phd以来，围绕自己研究的这个领域建的bib文献库，目前收录1600篇左右文献，jabref打开还是很顺畅。jabref也有支持M$ office / open office的插件，当年也用它写过几篇word的论文。但jabref毕竟还是太“简单”，想要让搜寻和整理文献的工作更便捷，去年开始我用这个软件（只支持mac os x，而且我个人觉得是mac下最好的文献管理软件了），目前出到3了，student license 35欧，绝对物有所值，搜索文献和整理文献都很方便。推荐3的有一个理由是，与2相比，3支持同步所有文献到dropbox，这样笔记本上通过papers管理的文献库，转头在ipad/iphone上安装papers软件，也可以同步数据了（ipad还好，屏幕够大；不至于真有人会用iphone读文献吧。。。）。papers + jabref足以应付Mac环境下写latex论文的一般需求。目前这个搭配的不足是：新文献要导入papers先，然后再导入bib文件先，做两遍工作。（papers其实也支持直bib格式直接输出到latex，但个人用惯了jabref，没办法。。。）
CNKI E-Learning 确实很不错，界面很舒服，用起来也很顺手，阅读学习文献足够用
Mac 上的 DEVONthink，招牌功能就是通过 AI 算法（官方没提，应该是基于机器学习算法），根据你已有文献资料来对新收集的文献资料进行分类和相似推荐，你的文献越多这个功能越有价值。DEVONthink 对各类文件的组织方式很自由，和系统自带的文件浏览器类似，文件怎么扔进去就能怎么拿出来，支持无限文件夹，并没有像诸如 Evernote 等采用自建的存储格式；除了自身有较强的搜索能力外，Spotlight 里也能检索到存储的文献资料。不过对 CJK 的分词支持很弱，所以如果你的文献里中文居多，那么 DEVONthink 不是一个好选择。
以PDF文档管理为核心的文献管理软件中，最好用的是ReadCube；以引文为核心的文献管理软件中，最好用的是Endnote。可惜这两个软件分别在对方的长项上做的不好，所以只能两个一起用。PS：ReadCube是免费的，Endnote是收费的。另外，两个软件都不做云同步，我个人的理解是可能涉及到版权的原因。不过ReadCube在2013年初发给用户的邮件中说它要在今年实现云功能。
刚刚看到一个软件 CNKI E-Learning, 推荐大家使用
关于工作流程的见解真的很对胃口。一直希望自己能找到合适自己的轨道，走下去，有效率，某些时候，只需要像机器一样。现实是还没有形成自己读文献，存笔记，写东西的模式。Mendeley试过，果然是导入整个计算机的文献就死翘翘。不过PDF识别的功能真的有助于识别重复文献，避免读了一遍又一遍，只因为放在不同文件夹或者在不同的渠道遇到。Readcube也试过，也是导入整个计算机的PDF死翘翘，反省过是否电脑的CPU不给力，没有答案。Qiqqia不知道有没人用过，挺有趣，有思维导图的功能，也有找出所引文献和被引文献的功能。但是，界面和用法太复杂，没有信心坚持下去。CNKI对于不复杂的文献处理还好吧，而且选择文本右键可以直接存为笔记，对于很懒的人来说，是福音。Endnote用得越多，越有感觉。有没有人用过Nvivo，是一个一年一千多RMB的软件，具有处理文本音频视频的功能，本来是用来做质性研究的。但是，它处理PDF的功能也是很强大的。在PDF上做出的注释可以直接用来编辑。而且，我们不只从文献学习，还从书本，网页音频视频中学习，它可以把所有相关的东西都整理到一个project里面。有兴趣的人可以试试，有一个月的试用。顺便必须赞一下置顶的回答，关于endnote的使用和处理文献笔记的惯例，真的是很有启发。我是方法论控，什么事情走的不是我设想的，或者我想的不完美，常常不能着手。此乃读博一大障碍。感谢！！！ 21:25:18知道了一个更好的软件 Docear，强烈建议大家试试。给一个重要的网址，介绍如何利用Docear把文献管理，PDF管理和写作结合起来。非常非常建议大家去看一下。不过读文献是最主要的，工具只是辅助。
看古文献和乐谱舞谱的表示连吐槽的机会都没有…=_=
对比过Endnote和Zotero，Endnote被完爆。Zotero的一键自动添加文献，自动下载pdf文件是在太赞。强大的标签功能，不同颜色显示功能，重复文献自动整理功能。更重要的是，这个开源的软件还支持外部插件，如自动分析关键词插件等，越来越喜欢开源软件了
Mac用Papers, Windows用mendeley或者colwize。尽可能避免使用国产软件。
Docear思维导图式文献管理软件，开源，支持windows，mac，linux。详细使用方式请参考首页视频，讲解得很清楚。其他软件可以参考：
果断Mendeley因为在linux上似乎好像只有这个比较好用，不丑，还能高亮标注pdf……除了时不时会卡一下，但也没遇到crashWindows下的话感觉没那么好用，字体丑爆外貌党对endnote接受无能啊
个人感觉JabRef还是很不错的，打个包随便放哪里都可以，跨平台也可以用。
Endnote很好用，但是不支持中英文备选模版（一个 & 与 “和”搞死人）、中文模版没有（当然确实可以自己写）很烦。NoteExpress 有很多中国人的习惯，但是数据库性能、软件内在线搜索能力都弱于EN（谁叫EN是 Thomson 出品呢 ），插入引文的插件也不是很好用（office2007之后都是）。等他3.0的版本出来后，个人就会选择付费了。EN是一年一更的稳定周期，NE就是不知道下次更新会是什么时候。group分的太细操作起来不如 search；smart group 功能太酷了。话
说两者同时用了超过7年了，EN 和 NE 感觉完全是在像两个方向进化。 EN 在 endnote web
上努力，越来越高端洋气了。NE在取悦国内用户下越来越接地气了。两者都很好，只是身为用户太纠结了，为毛这些优点不是在一个软件上，要是那样我真愿意用
价格去换。其他乱七八糟的几乎都用过一些，Mendeley（一次从EN迁移，我恨死 Mendeley了，不细表）
Zotero（个人主力浏览器 Firefox）， Notefirst、Refwork 等等。Mac系上 Paper 听说是神器，那就不懂了。Mendeley的社区功能很强大，喜欢找人同行人交流的推荐Mendeley。Zotero对同步支持很好，多电脑的人可以考虑。Firefox重度用户可以考虑，同浏览器的结合非常好，不用下载ris 等，但这些都是“表面功夫”，一个文献管理的核心特点来看，比较 EN 、Mendeley、NE，Zotero 不够先进。Notefirst 有一个奇怪的 RSS列表（Notefirst ），很有趣，但不太好用，一个个点击添加太烦了。我很奇怪为什么不直接集成在 Norefirst中。我手动将感兴趣的加进去了（以前使用GReader，翻译功能对我这种英文不好的人太有用了，因为一期杂志上真正你感兴趣的并不多，内置的translate 方便我快速过滤。GReader对SD的rss支持不好，残念GReader 要关闭了）。 价格也比 NE高，我就不想用了。Refwork 团队协作利器，如果你是高数据权限下的实验室老板，推荐。linux 下的也用过一些，不记得名字了。文献管理软件说是数据库管理软件，linux 下的都是这个水准，但软件好用，UE（用户交互）太重要了，比较一个工具你要是什么都靠自我调教，真的很累。文献管理软件好不好用是跟实验室环境有关的，你所在学校、机构有很高的的数据库权限，再难用的文献管理软件实际上都有一条方便可行的路子。你所在学校、机构连 web of science 之类的文摘库、SD什么之类的都没有，那什么文献管理软件都难以使用。我读过好的学校、差的学校，现在不在实验室环境（用着朋友的代理），一言难尽。如果在国内，你是 office 用户，个人使用 首推 noteexpress。高端洋气、团队用 endnote， 多用用 endnote 和 endnote web 同步。这两者数据库转换也方便。
Endnote X7 非常好用，写文章插入参考文献的时候更时方便！
国内有个Notefirst，用着不错。如果只有英文文献，推荐用Mendeley。还有，题录文件一定要用bibtex，这个通用性高，可移植性高。
如果是写本科毕业论文，一般只用到CNKI的文献的话，用CNKI的E-learning就足够贴上使用视频：英文论文就配合各位大神推荐的Endnote、Mendeley、Zotero等其中一款配合使用就好了。