我已安装Dreamweaver ，Fireworks，为什么安装flash不要序列号？_百度知道
我已安装Dreamweaver ，Fireworks，为什么安装flash不要序列号？
要序列号软件使用
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【求助/交流】请问，有没有谁知道，如何从NCBI上批量下载一类gene的核苷酸序列？
如题，我在NCBI上面搜索一个gene，得到一千多个结果，我想把这些结果的序列下载下来，可是，有些序列的ID号里面是基因组的ID号，就是说，我下载下来的是基因组序列，而我只想要里面相应基因的序列，NCBI里面搜索结果里，有对相关基因的定位，说是从哪个位点到哪个位点，有什么软件可以达到我的要求呢！
请了解相关知识的高手解答下，不胜感激！
Are you mad?
做蓝藻分类也不需要这样啊。 Originally posted by hihoney at
Are you mad?
做蓝藻分类也不需要这样啊。 最近老板想让我做些生物信息学的东西，关于蓝藻的……我知道NCBI上面有个工具，NCBI eUtils，但是我现在还没有弄懂，希望 高手予以解答！ Originally posted by xp198766 at
如题，我在NCBI上面搜索一个gene，得到一千多个结果，我想把这些结果的序列下载下来，可是，有些序列的ID号里面是基因组的ID号，就是说，我下载下来的是基因组序列，而我只想要里面相应基因的序列，NCBI里面搜索结 ... 非常感谢楼主这么有价值的问题。 偶也想借助宝地顺便问一下怎么样使用NCBI查找已经明确的基因序列啊？谢谢！ Originally posted by 姜大磊 at
非常感谢楼主这么有价值的问题。 偶也想借助宝地顺便问一下怎么样使用NCBI查找已经明确的基因序列啊？谢谢！ 明确是怎么样明确啊？
知道序列，还是基因ID等，如果知道序列的话，直接BLAST，知道ID的话，直接去里面用ID号搜也可以啊！ Originally posted by xp198766 at
明确是怎么样明确啊？
知道序列，还是基因ID等，如果知道序列的话，直接BLAST，知道ID的话，直接去里面用ID号搜也可以啊！ 知道这个基因的名称行不行啊，比如说脂肪酶基因，纤维素基因等等，谢谢！ Originally posted by 姜大磊 at
知道这个基因的名称行不行啊，比如说脂肪酶基因，纤维素基因等等，谢谢！ 可以啊，你在NCBI里面有一个下拉列表框，里面可以选基因的，还可以用关键词搜基因呢，例如，用nitrogen搜索gene，可以找到与氮相关的基因，等等
例如这个是脂肪酶相关的基因
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=Lipase 可以用Acceryls公司的DS gene这个工具试试，它可以找分类从GenBank中搜索数据，可以自动下载，只用过破解版，感觉这个功能很不爽，现在没有用了。 上面这个两个问题，如果大家稍微分析一下，其实很简单，就是批量下载，
哈哈，我经常批量下个大数据库的海量数据，也就是3-10G 左右，关键是如何确定你要的信息。
笨方法：ＭＥＧＡ　软件，你可以直接将你的基因通过该软件进行blast，然后手工选择下载每一个基因。
如果你稍微懂一点perl, 那么就非常容易了：下面一个关于蛋白序列批量下载的例子：
已经批量下载了带有注释的Genbank文件，大概有500M，每条信息中的内容既包含蛋白序列也包含核酸序列，使用SeqVerter 等软件只能导出核酸序列的的fasta文件。
现在想把其中的氨基酸序列也批量导出来，园子里倒是查到有高手编的perl模块可以实现这样的功能，但是我对编程语言一窍不通，linux也不会用，不知有什么现成的windows软件可以直接导出蛋白序列的fasta文件。以前写的，试试，在windows的doc下应该也差不多，
#! /usr/local/bin/perl
# name: gb2pep.pl
# genbank input to pep sequences.
#usage: cat yourfile|perl gb2pep.pl
my $pep_tag = 0;
my $pep = '';
my $name = '';
my $name_tag = 0;
while () {
$name = $1 if /^LOCUS\s+(\S+)\s+/;
$name_tag = 1 && $name.= $1 if /^DEFINITION(.*)/;
$name_tag = 0 if /^ACCESSION\s+/;
$name.= " $1" if /^\s{12}(.*)/ && $name_
$pep_tag = 1 && $pep = $1&&if /^\s{21}\/translation="(\w+)/;
$pep.=$1 if /^\s{21}(\w+)/ && $pep_
if (/^\s{21}\w+"$/ && $pep_tag) {
print ">$name\n";
for (my $i = 0; $i*60 <= length $ $i++) {
print substr($pep, $i*60, 60), "\n";
$pep_tag = 0;
能编译成在windows下使用的程序吗?得益于高手“等天光的硬币”指点，实现在windows下从genbank数据包中轻松导出fasta格式的蛋白序列，非常感谢“等天光的硬币”的热心帮助！
写下这一过程与新手共享。（呵呵，未经“等天光的硬币”允许，不知会不会侵犯知识产权......）
1. 安装ActivePerl（perl for windows版本）
/ActivePerl/Windows/5.10/ActivePerl-5.10.0.1004-MSWin32-x86-287188.msi
2. 把以下横线之间的字符粘贴到记事本中，“另存为”并选择保存类型为“所有文件”，命名为gb2pep.pl，放到一个目录下（比如C:\）
______________________________________________________________________
my $pep_tag = 0;
my $pep = '';
my $name = '';
my $name_tag = 0;
open(IN,$ARGV);
while () {
$name = $1 if /^LOCUS\s+(\S+)\s+/;
$name_tag = 1 && $name.= $1 if /^DEFINITION(.*)/;
$name_tag = 0 if /^ACCESSION\s+/;
$name.= " $1" if /^\s{12}(.*)/ && $name_
$pep_tag = 1 && $pep = $1 if /^\s{21}\/translation="(\w+)/;
$pep.=$1 if /^\s{21}(\w+)/ && $pep_
if (/^\s{21}\w+"$/ && $pep_tag) {
print ">$name\n";
for (my $i = 0;
$i*60 <= length $
$i++) { print substr($pep, $i*60, 60), "\n";
$pep_tag = 0;
______________________________________________________________________
3. 将genbank文件（比如demo-genbank.gb）也拷贝到和gb2pep.pl相同的文件夹，比如C:\
4. 点击windows桌面工具栏“开始”——“运行”——“cmd”进入dos命令窗口，此时文件夹位置一般处于C:\Documents and Settings\当前用户名>
5. 键入"cd\" 回到C盘根目录。输入命令行：perl gb2pep.pl demo-genbank.gb >demo_out.fasta 回车。
6.等一会儿就会在C盘根目录下出现名为 demo_out.fasta的文件，这就是我们处理得到的结果。
使用perl模块处理文本文件十分高效，我下载的一个genbank文件包有五百多兆，使用这个perl模块处理，只要几分钟的时间就得到了fasta格式的序列了，而且几乎不占什么系统资源。谢谢啦~上面的都不好。
用emboss包，基本的seqret操作：
seqret -sequence a.gb -outseq a.fasta -osformat fasta
融合序列可以用cat指令：
cat *.gb >a.gb
详情请google EMBOSS如果用perl脚本，最好用bioperl直接搞。
use Bio::SeqIO;
my $file_in =
my $file_out =
my $IN = Bio::SeqIO->new(-file=>$file_in);
my $OUT = Bio::SeqIO->new(-file=>">$file_out",-format=>'fasta');
while (my $obj = $IN->next_seq) {
$OUT->write_seq($obj);
$OUT-> Originally posted by reasonspare at
上面这个两个问题，如果大家稍微分析一下，其实很简单，就是批量下载，
哈哈，我经常批量下个大数据库的海量数据，也就是3-10G 左右，关键是如何确定你要的信息。
笨方法：ＭＥＧＡ　软件，你可以直接将你的基因 ... 真是的非常感谢非常感谢！
我现在用NCBI里面的NCBI eUtils可以得到相关的ID号，找序列还是比较麻烦，谢谢你的指点！ : Originally posted by xp198766 at
真是的非常感谢非常感谢！
我现在用NCBI里面的NCBI eUtils可以得到相关的ID号，找序列还是比较麻烦，谢谢你的指点！ 请问 您是怎么用NCBI eUtils得到所查询基因的相应的ID号的？具体咋操作？我是新手，都找不到您所说的NCBI eUtils。。。。。。 : Originally posted by shiliu2011 at
请问 您是怎么用NCBI eUtils得到所查询基因的相应的ID号的？具体咋操作？我是新手，都找不到您所说的NCBI eUtils。。。。。。 可以在NCBI的gene里面搜索感兴趣的东西，就可以得到相应的GENEID了。。 : Originally posted by xp198766 at
可以在NCBI的gene里面搜索感兴趣的东西，就可以得到相应的GENEID了。。 您好，是这样的。我用自己测得的16srRNA序列在ncbi里比对，比对上的有些结果的ID是整个基因组的ID，而我的序列比对上的部分实际上只是其中的16S的序列，那么我怎样得到这个基因组中16s序列的ID呢？请你指教！万分感谢！:hand:
var cpro_id = 'u1216994';
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