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读研究生的时候所有论文我都是用Endnote来管理我的reference，它陪我走过了很多年的学术生涯，对它还真有感情，买了正版也上过这个软件的培训。如果经常用英文的学术数据库，那么这个是你最佳的选择。再补充一些经验，写论文之前，把准备的书和下载的论文的reference输入到Endnote里。多少人的惨痛经验告诉我们，论文写完了之后你再想要组织reference，再去想从哪本书找到的case或者引用的哪本书的statistics往往已经太晚了，所以一定要在准备论文阶段的时候做好工作。Endnote的优点：1. 集成MS Word，写论文的时候，直接选择格式，例如APA然后插入，然后文内引用和文尾的reference就自动生成了。另外也集成了数据库，API等高级功能。2.从英文数据库下载论文的时候直接导入到Endnote,一键搞定，几乎所有的主流学术数据库都支持这个软件（这个功能超赞,以前常用的ProQuest就很好的支持EN）。3.可以在云端备份，我好几年积累的reference，换过好几次电脑，有时候用学校图书馆公用电脑都没问题，一样可以写论文(这点真心好用)。4.分类管理5.可以连接好多论文数据库然后搜索keywords.6.自动下载全文6.自动下载全文7.做Group project的论文，可以和人在web上分享7.做Group project的论文，可以和人在web上分享
合格的排版软件都有参考文献的管理功能，比如 LaTeX 有 BibTeX。另有 EndNote 等工具可以辅助文献管理。我不用 Word，但知道 Word 有尾注功能，从微软官方网站上查到 Word 有文献管理功能
相信一本好的指南上一定有介绍。如果还在手动添加和匹配引用，只能是你打开方式不对，没有把软件的功能发掘出来。
Cite While You Write--------------------------------------哎我说，你们纠结这个软件那个软件什么的不是重点好吗？重点应该是写完一句话，立刻加上引注好吗？一边写就一边引，才不会造成写完之后一堆文献不知道从哪入手的情况，又或者记不得了随便引引的情况好吗？管你是用word自带的，还是这个软件那个软件的，关键是要树立cite while you write的观念并且这样做吧。看到小硕或者小本给我的文档版本，科研类的，没有引注全部打回去重写。
除外，还有 Zotero 这一开源文献管理神器。官网 ：# 配置「工欲善其事必先利其器」，基于大陆的网络环境与论文引文格式要求，我们需要做一些简单的自定义配置。如图，菜单栏—— Tools—— Options或者，工具栏——齿轮——配准均可进入配置选项。（惊讶于中文？开源项目大都如此，多国语言自适应。）## 备份 收集整理，注定是一个长期的活，整理出来的数据，不能随随便便没掉。一方面软件数据库设计的给与一定的保障，但能备份到互联网上，带来方便的同时，也使得这些心血能更安全的保存。软件本身提供了这样一个功能，到官网注册帐号，在配置选项中，输入帐号密码即可使之同步，100M免费空间。但，大陆的网络……所以，建议使用另一种方法。本地 + 同步盘。在「高级」中，设置存储位置。定期将该文件夹打包，移动到移动硬盘，或者，让该文件夹存在于 金山快盘 等同步盘目录中。多电脑用户，这一方法相当有效，当然得保证有网。在另一设备中，也设置同样的存储位置。需要同步备份的文件夹目录，Win Mac Linux 都适用需要同步备份的文件夹目录，Win Mac Linux 都适用## 引文格式Zotero 内置了不少引文格式，但国内论文标准需要另加入。点击「获取更多样式」，在弹出的网页中，于搜索框处，输入 Chinese S单击「Install」下载
csl文件，并在 Zotero中导入，这样 我们便可快速，符合标准的添加引文了。# 使用方法## 文献管理文献引用，其实往往可重用，特别是在固定领域研究中，经典，较为正确的理论并不太多。于是，围绕该领域建立起一个文献库，是能很方便的。Zotero的以下功能能很好满足这一需求。 新建，不同的类别的文献书籍，当然也有不同的信息属性要求。通过编号，获取完整信息（中文文献是被汉语拼音的。） 当然，还可以 在 Google Books，豆瓣，亚马逊等站点，直接获取文献书籍的信息，当然需要浏览器插件支持，Chrome/Firefox 均有。当然需要浏览器插件支持，Chrome/Firefox 均有。链接，便于快速查阅，比如链接到本地文件后，可以在需要的时候快速找到查阅，甚至全文检索。（PDF文件需要安装插件，在配置选项里有。）添加便签，备注文献，添加标签，等同关键词搜索，相关条目，引文关联。## Microsoft Office Word / Libre Writer 中调用Word 2010 中的位置如图。从左到右，添加引文，修改引文文献，添加引文目录，修改引文目录，更新，配置，转换为静态（不动态关联，为纯文本）。### 加入一个引文1、 保证 Zotero 运行状态，2、 在需要的地方，点击「添加」，首先设置样式，然后在弹出来的搜索框里，输入相关内容即可。首先设置样式，然后在弹出来的搜索框里，输入相关内容即可。3、在结尾加入列表，点击「添加引文目录」。3、在结尾加入列表，点击「添加引文目录」。## 在 BibTeX 中使用选择要用到的文献，导出。便可直接生成 bib 库文件
这个...说一个我见过的学生用过的办法，他去查重，然后按照查重报告上的结论去标引......我和我的小伙伴都惊呆了...
再补充一个，noteexpress，国产的文献管理软件，各个大学应该都有机构版的，个人版也不贵。我觉得比endnote好用，对中文支持也更好。。如果你写的文章主要是中文的，就用noteexpress吧。另一个优点，endnote添加时候会卡很久，noteexpress就很快。另外，word里面需要把键入时检查拼写关掉，反应速度会提升很多。
补充Zotero使用的一个窍门：当有大量文献需要下载时，可以安装chrome的zotero插件，这样浏览器的地址就会出现一个按钮点击这个按钮，就会出现关于这个页面的所有文献的题目，选择自己需要的文献点击这个按钮，就会出现关于这个页面的所有文献的题目，选择自己需要的文献点击“OK”，Zotero自动将这些文献添加到本地的数据库中，同时包括了文献的全文pdf和详细信息，方便以后引用。点击“OK”，Zotero自动将这些文献添加到本地的数据库中，同时包括了文献的全文pdf和详细信息，方便以后引用。注意：全文的pdf可能会稍微滞后一些，可能是论文添加到本地数据库中才开始下载论文pdf的原因。
Mendeley可以自动同步一个bib文件，配合bibtex和latex就好了。zotero没有Mendeley好用，你试试就知道了。如果用Word的话，一定要用内置的参考文献管理功能。另外，你问这个问题显示出你的工作流程很有问题，为什么要在最后匹配引用？难道不应该写一句有来源的话就要加上引用的吗？不引用会感到不幸福的！
中文的还是建议NoteExpress，英文的建议Endnote。快速收集英文文献可以用Zotero。
个人感觉Refwork比endnote更为好用。我自己的pdf都是按照：类型，期刊，卷，页，年，RefworkID号来重命名。所有paper只需要放在一个文件夹下面，并直接在dropbox云端目录下，更改即云端同步。文献的内容则可以通过refwork整理，google scholar、sci、elsevier等都支持直接导出refwork引文格式，直接import进refwork即可。写作的时候，可以使用refwork的WrtieN'Cite，是一个添加在word里的插件，可以直接refwork服务器的引文内容，并自动生成参考文献列表，非常方便。
如果是用Latex的话，简洁灵活一点的如Bibtex+bst，Bibtex可以直接用 下载（需要自行设置，默认无Bibtex导出选项）, 有多个version时注意选择比较靠谱的，我发现如果是中文文献的话有的时候不规范。Bibtex在文中的引用则是另外一个话题了，xelatex使用utf-8编码中文无压力，如果是LaTeX/pdflatex+CJK之流... 有点点麻烦，citation key就不能是中文的（需改为英文的），但是如果是中文文献的话，Google scholor给出的citation key一般都是含有中文的，而且直接将Bibtex另存为的话默认是utf-8编码，使用GBK编码的稍微注意下即可。至于Bibtex的管理修改啥的，Mendeley是将文献与Bibtex绑定的，对中文不太友好（或许是我使用方式不对？），Zotera看起来也蛮不错的样子。Jabref在这方面则比较灵活。当然如果你更喜欢手工管理，请无视至于在Word里的用法，我记得是有bibtex4word之类的插件的，其它的方案如 给出的已十分详细了
LaTeX Google学术搜索的bib导出功能以上两项组合使用。
用过NoteExpress、Endnote等文献管理软件，推荐用，中文界面，简单易用。摘录自百度百科：NoteExpress
是国内最专业的文献检索与管理系统（被新浪，硅谷动力同时评价为5星级软件），完全支持中文，NoteExpress
可以帮助您通过各种途径高效，自动的搜索（含互联网），下载，管理文献资料和研究论文。该软件可嵌入MS
Word环境使用，在使用Word中输出各种格式化的参考文献信息，不需要脱离Word环境。使用方式与绝大多数文献管理软件相似，容易学习，除此以外：1）很多关键性能优越，比如导入文献资料的速度比国外同类软件快10倍以上。2）文献资料与笔记（文章）功能协调一致，除管理参考文献资料外，还可以管理硬盘上其他文章或文件，作为个人知识管理系统。
3）可用于获取文献资料的互联网数据源非常多，未来版本中将达数以千计的在线图书馆，并且支持用户自己添加数据来源。
我一般引用文段后加书签，书签名就是引用文献的来源，最后排版时再按书签位置顺序加到文章末尾。这样不怕中间重新加入新的内容，引用文献少的时候还蛮好用的。
好多人推荐endnote. 我本人用过endnote, 感觉还行. 如果你用过Mendeley的话, endonote就跟shi一样了. Papers 也非常好用, 和Mendeley水平差不多. Papers 更稳定, Mendeley导入文献, 自动识别(匹配,标题, 作者, Journal, 日期等)的正确率最高(没有之一). Papers可能还没有Windows版, Mendeley windows mac都有, 而且全免费. (仅限英文文献.)
cnki的e-learning很不错~~和office一起使用，写论文很合适~~~
Zotero, Endnote, Mendeley都用过，这些软件（或插件）功能都很强大。但我觉得花哨不一定好用，中文兼不兼容，同步和导入有没有bug，种种原因我放弃这些强大的工具，回归最简单的方式：文本文档记录！就是每读一篇论文，将其bib信息记录在一个latex的BIB格式文件中（其实就是一text文档），同时将论文的路径记录在bib信息中。利用notepad++这样的文本编辑器的搜索功能，很快能够找到已经看过的论文，写文章插入参考文献更是不在话下。
google学术+JabRef 2.9.2+bibtex+xelatex（学校提供模板），120多篇参考文献10分钟搞定，顺序想怎么换怎么换。用word写论文的同学请无视我的答案。
有用NoteExpress或者EndNote的话，其实很简单。 鼠标点3下就完事儿了。我用WS Word + NoteExpress举个例子（请忽视paper内容）。 如上图，文章全部写完后，在Word的NoteExpress插件一栏里点"转到NoteExpress"，系统会打开NoteExpress客户端 ——点第①下NoteExpress客户端里选定引用综述的格式(如IEEE)，点中需要插入的文献名。——点第②下在正文里需要插入角标处，直接点“插入引文”即可。——点第③下，基本上就完事儿了。插件会自动在paper最后位置写入这篇文献的引用编号、名字等信息，并在光标位置插入对应编号。全用NE插件插入标注的话，它会根据插入标注的位置先后（不管时间先后），自动更新标号号码和paper最后References中的对应排序。引用全插入完成后，修改标注为需要的向上角标格式（因为每插入一条新引文，插件会把全部引文同步更新一遍，又回到初始默认格式），完成。当然，前期工作中NoteExpress需要正确的识别文献的综述信息：文献直接用NoteExpress下载的，综述信息自然有。少数Google下的pdf，直接把pdf拖进NE，它会自动更新综述信息有些自动更新综述信息失败的，或者对应错的，需要根据文献内容信息手动写入一下，不过出现几率很小。如果怕忘了在哪里插入角标的话，可以参考
在开始写正文时候插入批注，写个提示。
google学术
search搜文章题目
弹出各种搜索项
提供三种标准格式哦也最新更新：